İlkçağda Amaseia adıyla bilinen kent, Anadolu’nun en eski yerleşim merkezlerindendir Kentin adı MÖ 1400’lere tarihlenen hitit metinlerinde Hakmiş olarak geçer. Metinlere göre Muvatallis ve Mursilis III dönemlerinde Hattuşili III burada bağımsız bir hükümdar gibi davrandı, Kaşkalar’ın saldırılarını püskürterek kuzeye çekilmelerini sağladı. Kent, hellenistik Pontos krallığı döneminde önem kazandı. Mithridates I Ktistes’in yaklaşık MÖ. 300’de kurduğu krallığın, Sinop’un Pharnakes I tarafından MÖ 183’te ele geçirilmesine kadar başkentliğini yaptı. Bundan sonra da Zeus Stratios tapınağına yakınlığı (Mithridates Vl Eupator tarafından yaptırıldı) ve pontos krallarının anıtları dolayısıyla krallık için önemli bir kent olma özelliğini korudu. Amasya MÖ. 70’te Romalı general Lucullus tarafından ele geçirildi. Pompeius’un yeni yönetim birimi Bithynia ve Pontos’un içinde yer aldı (MÖ. 64). Antonius tarafından bilinmeyen bir hanedana verildi ve MÖ 3-2 arasında Galatia’ya katıldı. Diocletianus ve Constantinus’un yaptığı düzenlemelerde Diospontos’un anakenti (metropolis) oldu. İmparator Phokas burada bir saray ve kilise yaptırdı. Sasani hükümdarı Hüsrev Perviz zamanında İran yönetimine geçen kent, imparator Herakleios tarafından geri alındı. Kısa bir süre Arapların eline geçti. Malazgirt Savaşı’nın ardından, Melik Danişmend Gazi XI. yy. 'ın Sonlarına doğru kenti zapt etti. Birinci haçlı seferinde Ankara ve Çankırı’yı ele geçiren Raimond de Toulouse Amasya üzerine yürüdüyse de Türkler tarafından ağır bir yenilgiye uğratılarak çekilmek zorunda bırakıldı. Anadolu Selçuklu sultanı Kılıç Arslan II Danişmentli devletine son vererek Amasya’yı Selçuklu topraklarına kattı (1177). Selçuklu döneminde kentte yoğun bayındırlık etkinlikleri oldu ve Amasya Anadolu’nun önemli bir kültür merkezi durumuna geldi. 1192’de Kılıç Arslan II Anadolu Selçuklu devletini oğulları arasında bölüştürdüğünde, Amasya Nizamettin Argun Şah’a düştü. Sultan Alaettin Keykubat I döneminde (1220-1236), Moğol saldırılarından kaçan Harizmliler buraya yerleştirildi. Babailik’in kurucusu Baba İshak, görüşlerini Kefersut dolaylarında yaydıktan sonra Amasya’nın bir köyüne yerleşti. Amasya, Sivas, Çorum, Tokat bölgesinde etkisini artırdı. Gıyasettin Keyhüsrev II’nin Amasya subaşılığına atadığı Armağanşah, Baba İshak’ı kale burcuna astı. Bunu haber alan Türkmenler, Amasya’ya saldırdılar ve Armağanşah’ı öldürdüler. Kent Moğolların Anadolu’ya egemen olduğu dönemde de önemini korudu. 1342’ de Sivas naibi Eretna’nın eline geçti. Daha sonra kente emir Hacı Şadgeldi Paşa egemen oldu. Şadgeldi, Kadı Burhanettin ile yaptığı bir savaşta ölünce kent, Oğlu Ahmet Bey’e kaldı. Ahmet Bey, Kadı Burhanettin’in baskısı karşısında Amasya’yı Osmanlılar’a teslim etti (1393). Yaklaşan Timur tehlikesine karşı kentin valiliğine şehzade Çelebi Mehmet getirildi. Ankara savaşı’ndan (1402) sonra kentin eski valıs Çelebi Mehmet, Timur’a bağlı olarak Amasya merkez olmak üzere Sivas, Tokat yörelerine egemen oldu. Kardeşleri ile giriştiği taht kavgasında Amasya’yı üs olarak kullandı. Osmanlı padişahları Murat II, Mehmet II (Fatih), Bayezid II şehzadeliklerinde Amasya’da vali olarak bulundular. Murat II ile Selim I (Yavuz) Amasya’da doğdu. Bayezit II’nin oğlu Ahmet, kardeşi Selim’e karşı taht kavgasına giriştiğinde Amasya valisi idi. 1512’de şii ayaklanmacı Şahkulu’nun halifesi Baba Zünnun bir baskınla Amasya’yı ele geçirdi ise de Yavuz Sultan Selim’in Amasya beylerbeyliğine atadığı Mustafa Paşa kenti geri aldı. Mısır seferi (1516-1517) sırasında Baba Zünnun ve Şeyh Celal kenti yağmaladılar. Amasya, 1518’de sancak yapılarak Sivas’a bağlandı. Şehzade Mustafa kentin valiliğine atanınca bağımsız sancak durumuna getirildi. Şehzade Mustafa’nın öldürülmesinden sonra yeniden Sivas’a bağlandı. Kanuni Sultan Süleyman, Nahcivan seferinden dönerken Amasya’ya uğradı. Avusturya elçisi Bushbecg’i burada kabul etti.İran ile Amasya antlaşması burada imzalandı. XVI. yy.’ın sonlarından başlayarak Amasya ve yöresinde başgösteren ayaklanmalara Kuyucu Murat Paşa son verdi (1608). Bu tarihten sonra kent ve yöresinde önemli bir kargaşa olmadı. XIX. yy.’ın ikinci yarısının başlarında kentte yaklaşık 25 000 kişi yaşıyordu. Bunların 2 000’i öğrenciydi ve 18 medresede öğrenim görüyorlardı. Ulusal Kurtuluş savaşının ilk günlerinde Mustafa Kemal Paşa, Amasya Genelgesi’ni burada hazırladı (21 haziran 1919). Anadolu ve Rumeli Müdafaii hukuk cemiyeti temsilcileriyle İstanbul hükümeti temsilcileri arasındaki görüşmeler burada yapıldı (Amasya Protokolü 20-23 Ekim 1919). Cumhuriyetin ilanından sonra Amasya il merkezi oldu.