AK Parti |AKParti Forum |AK Gençlik |Recep Tayyip Erdoğan |AKPARTİ Gençlik Forumu| - Tekil Mesaj gösterimi

**alperen** · 09-24-2011, 16:14

PROTEİN SENTEZİ

ALPEREN GÜRBÜZER

Hücre hayatında proteinler:
Protein denilince genel itibariyle adalelerimize güç katan süt ve et gibi protein içeren gıdaların özü biliriz hep. Oysa proteinleri amino asitler yapısında hidrojen, oksijen,azot, karbon ve kükürt bulunan küçük moleküllü bileşikler olarak tanımlarsak daha bir gerçekçi tanım yapmış oluruz. İşte bu beş elementli bileşikler dev moleküllü protein zincirleri oluşturmak üzere 20 çeşit amino asit üretirler. Bu arada her bir amino asidin hücre ve dokularda reaksiyon oluşturabilmesi için mutlaka 3–5 tanede olsa mutlaka enzime ihtiyaç vardır. Bu enzimlerin bir tanesinin bile görevini askıya alması demek vücudumuzun iflası demektir. Çünkü bir hücrede biyokimyasal reaksiyonların herbiri özel bir enzim tarafından yapılır. O halde hücrelerin değişik fonksiyonel işlev görmesi farklı enzimlere sahip olmalarından ileri gelir. Madem enzimlerde protein olduğuna göre mutlaka hücrelerin fonksiyonel özellikleri de proteinlere bağlı seyredecektir. Sadece enzimlerin protein olduğunu düşünmek bile bu maddelerin hücre hayatında önemini anlamaya yeter artarda. Bir hücrenin bütün kısımlarının yapısında proteinler bulunur çünkü. Öyle anlaşılıyor ki canlılık cansızlık üzerine kurulu olmayıp, bilakis başka bir canlı ortamı üzerinde inşa olmaktadır. Nitekim cansız maddeleri sentezleyerek bir canlılık meydana getirmek imkânsızdır. Zaten bu tip denemeler yapılmış ve her denemelerin sonucu hüsranla bitmiştir. O halde canlılık denen hadise tamamen bir yaratış olayıdır. Maalesef yaratılış olayını anlamak istemeyenler protein sentezini sıradan bir kimyasal reaksiyonmuş gibi algıladıklarından sanki amino asitler gelişi güzel bir takım reaksiyon neticesinde birleşerek protein meydana getiriyormuşçasına basit bir hayat hikaye tarzında sunum yapıyorlar. Oysa protein sentezi asla böyle bir basit mantıkla açıklanabilecek bir olay değildir. Zira laboratuar ortamında cansız tabiattan elde edilen kimyasal maddelerle yapılan deneylerle taş patlasın ancak son derece sınırlı sayıda basit ve ilkel bileşikler elde edebiliriz. Dolayısıyla protein yapımını basit ve ilkel bileşik karışımı gibi sunmak bir şeyleri gözden kaçırmak hamlesi olarak yorumlamak daha doğru olacaktır. Dahası protein sentezi için değim yerindeyse devasa bir tesisin devreye girmesi söz konusu olmalı ki kompleks protein yapıları meydana gelebilsin. Kaldı ki değil bir kırmızı kan hücresini, bu hücrenin içerisinde mevcut olan tek bir hemoglobin proteini bile defalarca deneme yanılma yöntemiyle de elde etmeye çabalasanız bu iş için sadece bir dünya ömrü değil birkaç dünya ömrünün bile yetmeyeceği aşikârdır. Zira her şey biyolojik bir nizam çerçevesinde oluşuyor. Zaten tabiatın böyle bir deneme yanılma yöntemine dayalı bir protein üretme tesisini belki masallarda bulabiliriz, ama realite masal kabul etmez.
Proteinler nerede yapılır?
Protein sentezi denilen olay her hücrede mevcut olup, asla deneme yanılma yoluyla değil özel bir mekanizma ile gerçekleşmektedir. Üstelik o özel şartlarda daima koruma altında cereyan etmektedir. Aksi takdirde olumsuz şartların etkisiyle proteinler parçalandıktan sonra spesifik özelliğini kaybedip her biri işe yaramaz bir madde haline dönüşeceklerdir. Tabiî özel şartların korunması da yetmez, ayrıca proteinlerin sadece sol-elli amino asitlerden müteşekkil olmaları da icap eder. Yani aralarına kesinlikle bir tane bile olsa sağ-elli amino asitin sızmaması şarttır. Dikkat ettiyseniz şart koşuyoruz. Çünkü protein sentezi belli kayıt ve kurallara bağlanmış. Dolayısıyla kendisi için rol biçilen kaideler ne ise onun gereğini yapmak mecburiyetindedirler. Hatta bu kurallar DNA ve RNA içinde geçerlidir, ama bir farkla. Zira onların da kendilerini oluşturan nükleotidlerin sadece sağ-elli olmak mecburiyetleri vardır. Protein yapımı konusunda şartlar burada bitmiyor, devamı var. Şöyle ki; amino asitlerin bir araya gelip dizilmelerinin yanı sıra, birde bunların uygun bir şekilde bağlanma zorunluluğu söz konusudur. Öyle ki bu zorunluluk şartın yerine getirilebilmesi için ayrıca amino asit zincirinin kolları arasında adına peptit bağı denilen bir bağın bağlanması gerekmektedir. Elbette ki amino asitler sadece peptit bağları ile bağlanmazlar, çok değişik bağlarla da bağlanabilir, ama söz konusu protein yapımı için peptit bağı oluşturmak mecburidir. Yani bu bağlanma tarzı belli ki protein yapımına has bir spesifik durumu ortaya koymaktadır. Anlaşılan o ki protein oluşumunda gerek sol-ellilik kaidesi, gerekse peptit bağı ile bağlanma mecburiyeti önceden ilahi bir güç tarafından biyolojik programın gereği böyle ayarlandığını göstermektedir.
Her nedense Amerikalı araştırmacı Stanley Miller tarafından ortaya konan adına Miller deneyi, hayatın tesadüfen meydana geldiğini savunanlar için bir delil gözüyle bakılmaktadır. Gerçektende Millerde başlangıçta amino asitlerin tesadüf eseri olarak ortaya çıkabileceği pekiştirmek adına ilk dünya atmosferinde var olabileceğini düşündüğü metan, hidrojen ve su buharı karışımına dışardan verilecek suni bir elektrik şok enerji yardımıyla 100 santigrat derecelik bir ortamda bir hafta beklettikten sonra elde ettiği sonuçla canlılığı ispatlayacağını sanıyordu. Ama gel gör ki analiz çalışmaları sonucunda beklenen 20 çeşit amino asitten sadece üçünü sentezleyebilmiştir. Yine de bu deney bazı çevreleri öylesine heyecanlandırdı ki adeta “Miller hayat yarattı” denilecek kadar ok yaydan çıkarcasına manşetlere taşınabilmiştir. Oysa ortada canlılık denen bir şey yoktu, sentezlenen bir şey varsa o da bir takım cansız moleküllerdi. Maalesef bazı aklıevveller hemen iki üç cansız molekülün sentezlenmesinden medet umarak kafalarında kurgu filmlerini aratmayacak tarzda “Biz hücreyi yaratırız” şovuna dönüştürmüşlerdir. Onlar bilim kurgu senaryolarını kafalarında canlandıra dursunlar Miller deneyinin yapılış düzeneği bile dünyanın ilk yaratılış şartları ile taban tabana uyuşmadığı, aynı zamanda aldatmaca bir bilim kurgu senaryosundan ibaret olduğu anlaşılmıştır. Hatta senaryosu önceden tasarlanmış ve bilim kurgularını aratmayacak handikaplarını şöyle sıralayabiliriz;
—Miller adına soğuk tuzak (cold trap) dediği bir dediği bir düzenekle amino asitleri izole etmeye çalışmıştır. Oysa ilkel tabiatın doğuşunda böylesine bilinçle hazırlanmış herhangi bir aygıt ortamı yoktur. Dolayısıyla birinci handikapı ta baştan deney ortamı ile ilkel dünya ortamı arasında derin bir uyuşmazlığını ele vermektedir. Zaten protein yapımın kimyasal olarak ilkel dünya şartlarında oluşmasını imkânsız kılmaktadır.
—Bir kere bilim adamlarının hem fikir olduğu ilkel atmosfer ortamının Miller’in öne sürdüğü metan, amonyak yerine tam tersi atmosferde azot ve karbondioksit olduğu yönündedir. Dolayısıyla ikinci handikapları atmosfer uyuşmazlığı olarak ortaya çıkmaktadır. Hatta Miller kendi deneyinde kullandığı atmosferik ortamın gerçekçi olmadığını itiraf etmişte. Nitekim bing-bang (büyük patlama) sonucunda ortaya çıkan tabloda dünyamızın sıcak olduğunu düşündüğümüzde ergimiş halde nikel ve demir karışımı ağırlıklı bir ortamın olacağı muhakkaktır. Bundan hareketle o ilk patlayışın ardından daha yeni şekillenmeye başlayan atmosferin azot, karbondioksit ve su buharından müteşekkil olması kaçınılmazdır. Zaten J.P.Ferris ve C:T Chen yukarı da adından bahsettiğimiz ilkel atmosferi oluşturan bu kimyasal terkiplerle Millerin deneyini tekrarladıklarında elle tutulur bir amino asit bile elde edememişlerdir. Çünkü ilk oluşumunda yer alan bu kimyasal gazlar organik moleküllerin meydana gelmesinde bir amonyak ve metan gazı kadar elverişli değillerdir.
— Bilindiği üzere Miller deneyini oksijeni dikkate almadan yürütmüştü. Nitekim bu durum da üçüncü handikap olarak ilk atmosferde yoğun bir şekilde oksijen varlığının tespiti Millerin deneyini tek başına geçersiz kılmaya yetebiliyor. Dahası oksijenden kaynaklanan ültraviyole ortamının bulunduğu ortamda bir tek amino asidin yaşamasını imkansız kılmaktadır. Zira bilim adamları o devirlerde 10 bir misli ültraviyole ışınların yeryüzüne ulaştığını söylemekle kalmayıp, bu yoğun bombardıman altında aminoasitlerin tümünün parçalanmasından doğal daha ne olabilir diye haykırmaktalar. Miller deneyinde zaten oksijen kullansaydı metan gazı karbondioksit ve suya, amonyak ise ister istemez azot ve suya dönüşecekti. Kaldı ki ilkel atmosferde oksijen olmadığını farz etsek bile bu seferde ozon tabakası olmadığından yine amino asitler doğrudan ültraviyole etkisiyle karşı karşıya kalıp, böylece parçalanmak zorunda kalacaklardı.. Demek ki ilkel atmosfer şartlarında oksijenin yokluğu da bir dert, yoğun bir şekilde fazla oranlarda olması da ayrı bir derttir. Sonuçta her iki durumda aminoasitler için yok edici ortamdır.
—Biz biliyoruz ki canlılık sol-elli amino asitlerin iştirakiyle gerçekleşebilmektedir. Maalesef Miller deneyinin dördüncü handikabı ise bol miktarlarda sağ-elli amino asitlerin ortaya çıkması yaptığı deneylerin güvensizliğine daha da güvensizlik katmaktadır.
Yukarda sıraladığımız handikapları bir bütün olarak değerlendirdiğimiz de Miller deneyi canlılığın ilkel dünya şartları ortamında tesadüfen sahne aldığını ispatlamaktan aciz olduğunu göstermektedir. O halde şimdi sormak zamanıdır, soruyoruz da:
—Hani bu deneyle belirlediğiniz o bilinçli laboratuar ortam şartları, ilkel dünya şartlarının neresin de var?
—Hani bu deneyle belirlediğiniz o kontrollü mekanizmaya dayalı düzeneğiniz ilkel dünya şartlarının hangi düzeneğinde var?
—Hani bu deneyle belirlediğiniz o en ideal ölçülerin ilkel dünya şartlarının hangi terazisinde mevcut?
—Hani bu deneyle ortama verilen o enerji miktarı ilkel dünya şartlarının hangi enerji santralinde var?
—Hani bu deneyle büyük bir itina ile hazırlanmış olduğunuz o düzeneğinizin malzemeleri ilkel dünya şartlarının hangi lojistik donanımında yer alıyor?
Biliyorum bu sorularla bir takım çevrelerin canı çok sıkıldığını. Ama mecburuz, çünkü yaratılışa sataşma söz konusu. Sahtekarlıklarının gün yüzüne çıkmaması adına öylesine deney aygıtını amino asitlerin oluşumunu engelleyici yabancı unsurlardan arındırılmış bir vaziyette hazırlamışlar ki bu soruları sormak zorunda kaldık. Nitekim ilkel dünya şartlarında mevcut birçok elementler ne hikmetse deney tüplerine almamışlar. Belli ki olayların seyrini bir anda altüst edebilecek en ufak planlarını bozması muhtemel hangi unsur varsa hepsi kendilerince elimine edilmiştir. Tabiî ki kurnazlıklarına diyecek bir şeyimiz yok, doğrusu bu konuda maşallahları var. Ne kadar kurnaz olursalar olun sonunda Darwin’i kurtarmak adına sarıldıkları Miller deneyiyle aslında büyük iştiyakla savundukları evrim teorisini kendi elleriyle bir kez daha mezara gömmüş oluyorlar. Demek ki bu işler iyi ayarlanmış özel ortamlarla ve bilinçli müdahalelerle kontrollü laboratuarla ilkel dünya şartlarını açıklamaya yetmiyor. Nasrettin Hoca hanımına; un var, şeker var, yağ var, ama tüm bu varların içerisinde niye helva yoktur demiş ya. İşte evrimcilerinde hali de aşağı yukarı bunun gibi bir şey. Köşeye sıkışan evrimciler bu sefer Sdney Fox’un; “ilk amino asitler ilkel okyanus şartlarında oluşup, ansızın akabinde bir volkanın yanındaki kayalıklara sürüklenerek yüksek ısının etkisiyle bünyesindeki suyun buharlaşmasıyla birlikte kuruyan amino asitler şeklinde proteini meydana getirmişlerdir” görüşüne tutunmaya başlamışlardır. Oysa yapılan bir takım analiz çalışmaları neticesinde yüksek ısıda amino asitlerin bozulduğunu göstermektedir. Bu durum karşısında Fox mücadelesinde yılmadı, usanmadı ve laboratuar ortamında kendine has şartlar altında damıtılmış aminoasitler kurumaya bırakılıp sonradan bu amino asitler ısıtılarak birleştirilmesi yoluna gidilmiştir. Fakat analiz çalışmaları sonucunda ortaya birbirlerine rasgele bağlanmış sıradan birkaç anormal amino asit halkalarından başka bir şey ortaya çıkmadı. Üstelik yapılan deneyde Millerin ardından bıraktığı enkazın üzerine değil canlı organizmalara ait amino asitler üzerine inşa edilmiştir. Madem Millerin devamı olduğunu ileri sürüyorsunuz, o halde onun ürettiği işe yaramaz amino asitleri materyal kullanmak daha etik olmaz mıydı? Şurası muhakkak gerek Fox ve gerekse diğer bilim adamlarının elde ettiği hiçbir anlam içermeyen suni birkaç amino asit zincirlerin (proteinoidler) oluşumu tabii şartlarda meydana gelmesini beklemek denize düşen bir inci tanesini bulmak gibi imkansızlığa sarılmaktan başka bir şey değildir. Elbette ki çok özel tekniklerle dünyanın oluşumunda olmayan başka şartlar altında amino asitleri bir şekilde bağlama başarılarına itirazımız olamaz. Bizim itirazımız ortaya çıkan düzensiz protein diye sundukları ürünlerin proteinden ziyade işe yaramaz birtakım lekelerle işte canlı böyle oluştu iddiasınadır. Böylece tüm cümle âlem anladı ki öne sürdükleri protenoidler gerçek proteinlerle yakından uzaktan hiçbir alakası olmayan birer ucube yapılardır. Cansız maddeden canlılık oluşturma adına büyük çapta havuzlara istediğiniz kadar kimyasal madde atın, istediğiniz kadar dışardan her türlü gaz pompalayın, hatta istediğiniz envai türden radyasyon takviye edin, sonrada bu attığınız maddeleri devasa mikserlerle karıştırıp ısıttığınızda bile sonuçta hayat için gerekli olan 2000 enzimden en iyimser tahminle belki birkaç amino asit, birkaç basit kimyasal madde sentezleyebilirsiniz. Bunun ötesine gidemezsiniz zaten, çünkü orda yaratılış gerçeği var. Maalesef bu kafa yapısıyla ne amino asitlerin oluşumunu aydınlatabildiniz ne de proteinlerin oluşumunu. Üstelik hayat biyokimyası sadece proteinle de sınırlı kalmayıp hücre denen bir yapıya doğru ilerleyerek mesele daha da çok karmaşık bir hal almaktadır. Şimdi bu noktada amino asit ve proteinle baş edemeyen evrimciler daha kompleks bir yapı olan hücreyle nasıl baş edecekler doğrusu çok merak ediyorum. Oysa hücre âlemi sadece basit bir protein yığınından ibaret olmayıp, bünyesinde birçok sistemin barındığı canlı bir mekanizma olarak karşımıza çıkmaktadır. Hakeza James Watson ve Francis Crick’in gün yüzüne çıkardığı kompleks yapıdaki nükleik asitler (DNA ve RNA)’de öyledir.
İlkel dünya atmosferin bünyesinde ihtiva ettiği gazların amino asit sentezini imkan vermediği anlaşılması üzerine, bu seferde proteinlerin bilgisini taşıyan RNA molekülünün oluştuğu senaryosu tezi ileri sürülmeye başlanıldı. Walter Gilbert tarafından ileri sürülen bu teze göre nasıl olmuşsa milyarlarca yıl önce RNA kendi kendine tesadüfî bir eser olarak ortaya çıkmış, akabinde çevre şartlarının tesiriyle proteinler imal etmeye başlamış, derken en nihayet DNA molekülü doğmuş güya. Gerçekten ileri sürülen bu tezlere gülesin mi ağlayasan mı, doğrusu şaşmamak elde değil. İnsan ister istemez bu cümleler karşısında nasıl oluyor da hayali nükleotidler nizami bir dizilimle bir araya gelip RNA’yı meydana getirmiş sorusunu sualsiz geçiştirmek istemiyoruz. Dahası RNA en mükemmel laboratuar şartlarında bile sentezlenmesi zor iken nasıl oluyor da ilkel dünya şartlarında kendi kendine meydana geliyor doğrusu sormadan edemiyoruz. Hadi bundan vazgeçtik madem RNA kendi kendine tesadüfen meydana gelmiş yine hangi tesadüfî bilgiyle kendi kendini kopyalamayı akıl edebilmiş, ya da kendisini kopyalarken kullanacağı nükleotid elemanlarını nereden temin etmiş sorusunu bir kez daha sormadan edemiyoruz. İşte bu sorulardan da anlaşıldığı üzere karman çorban bir karışımdan ansızın hayali bir RNA masalı ile karşı karşıyayız. Hâlbuki RNA canlılığın oluşumu ile yakından uzaktan alakası olmayıp bilakis protein yapımıyla alakalı bir bilgi deposudur. Ne zamandan beri bilgi protein üretecek duruma gelmişte biz duymamışız, bir bilen varsa çıksın anlatsın. Bir kere bilgi hammadde değil, adı üzerinde bilgi. Amino asitler, malum hammadde hükmünde fonksiyon icra ederler hep. Onların hezeyanlarına kulak assak Nasreddin Hocanın hikâyesini tersinden alıp ortada un yok, şeker yok, yağ yok ama helva var demek durumunda oluruz ki işin içinden çıka bilene aşk olsun. Kaldı ki bir protein hücre alemi içerisinde birtakım kompleks işlemler sonucunda yoğrulup birçok enzimin etkisiyle ribozomlar üzerinde üretilirler. Ribozomun bizatihi kendisi de karmaşık bir yapıya sahip bir üretim fabrikası. Dolayısıyla bir çok kompleks yapının aynı anda bir araya tesadüfen gelerek büyük organizasyonlara imza atmalarını beklemek hayalden de öte bir başka uçuk hayal olsa gerektir.
Başta demiştik RNA malzeme değil bilgi diye. Bilgi aynı zamanda şifre (DNA veya RNA) demektir. Bilgi öyle bir güç ki insanın genini bile değişime uğratabilmektedir. Nitekim bilgi beyine misafir olduğunda içi boş bir varlık olarak hiçbir anlam ifade etmezken, ne zaman ki beyin tarafından değerlendirmeye tabii tutulup işte o zaman protein sentezi oluşmasıyla birlikte DNA’yı değiştirdiğinde, anlam ifade eden bir varlık haline gelebilmektedir. Buradan hareketle tek başına protein sentezini bilgiye endekslemekte yanlış olup, bir bütün olarak değerlendirmek gerekir. Zira nükleik asitlerde ki bilgiler ya da şifreler transfer edilmediği müddetçe havada kalmaya mahkûm kalacakları muhakkak. Dahası bilgi transfer işlemleri minimum 50 makro molekül parçayla mümkün hale gelip, bu parçaların her biri DNA ile kodludur. Dolayısıyla şifrelenmiş bu makro molekül parçaları olmaksızın transfer işlemlerin gerçekleşmesi imkânsızdır. İmkânsızlıkları zorlayarak hala RNA zincirinin bizim bilmediğimiz bir takım tercih veya metotlarla 50 makro molekül parçalarının göreceği işi tek başına protein sentezinin üstlenerek ürettiğini söylemek safdillik olsa gerektir. Modern biyoloji bilimi bangır bangır proteinlerin yardımı olmadan RNA’nın kendi kendini kopyalamasını mümkün olmadığını ortaya koymasına rağmen bu inat niye? Hayatın kaynağını RNA’da arayacağınıza “Hayy” da arasalar olmaz mı? Allah hayat sahibidir, başkalarını hayat sahibi ilan etmenize gerek yoktur. Hani zaman zaman “Hay’dan gelir huy’a gider” söyleriz ya. O söz aslında tasavvufi güzel bir sözdür. Şöyle ki “Hayy’dan gelir Hu’ya gider” sözü Allah’tan (hayattan) geldik O’na gideceğiz demektir. Yani O’na, mutlak varlığa ve Zat’a gitmek manasınadır. İşte aşk bu. Zaten aşk olmazsa işimiz zordur. Dileriz ki, Allah hepimize aşkı nasip etsinde işimiz kolay olsun, Olur ya belki dogmatik ve hayali sapkın fikirlerden cümle alem kurtulurda metafizik aşk yoluna gireriz. Onun için bu gün dünden de daha çok aşka ihtiyacımız var. Aksi takdirde haramilerin sayısı gün geçtikçe daha da artacaktır. Dahası kullandığı alet ve adavetleri de çoğalacaktır. Yinede ne kadar çoğalırsalar çoğalsınlar hayat için gerekli olan tüm malzemeleri bir deney tüpüne koysalar da ve bu deney tüpü içerisindeki malzemelerin dirilmesi adına ne var ne yok tüm metotları tatbik etselerde ondan bir diri yaratamayacaklardır. Nitekim bu tür denemeler uzun yıllar çok kez sınandı, sonuç elde var sıfır. Bu yüzden birzamanların hayatın tesadüfi olarak çıktığına inandırılan matematik ve astronomi Profesörlerinden Chandra Wickramasinghe; “..şu an geldiğim nokta itibarı ile Tanrı’yı inkar edecek hiçbir akılcı argüman bulamıyorum.. tek mantıklı cevabın yaratılış olduğu neticesine varıyoruz’’ itirafında bulunabilmiştir.
Hatırlarsınız altmışlı yılların sonlarında İzlanda civarında ansızın yeni bir ada doğmuştu. Pür dikkat bilim adamları bir ümitle adaya doğru akın ediverdiler. Kendilerini hoşgeldin dercesine rengarenk çiçeklerle kaplı bitki florası, birtakım böcek ve kır çiçekler karşılıyevirdi. Öyle ki adanın iki yıl içerisinde zengin flora ve faunası izleyenleri hayretler içerisinde bırakıverdi. Çünkü evrimciler o güne kadar çok türlü canlı dökümanının ancak 50 milyon yıl içerisinde oluşabileceğini hep söyler dururlardı. Oysaki hayata yeniden mehraba diyen adanın kısa sürede ulaştığı yeni sakinleri doğrusu onları şaşırtmış gözüküyordu. Her nekadar aralarında ağaçlar ve hayvanlar olmasa da Amerika’da hayatını idame ettiren bir karınca cinsinin olması onları büsbütün çıldırtmaya yetti arttı bile. Böylece yaratılışçıların canlıların yeryüzüne aynı anda çıktığı fikri bir kez daha teyid edilmiş oldu.
Ayrıca birçok araştırıcılar RNA’nın protein sentezi ile ilgili olduğunu ortaya çıkardıktan sonra söz konusu sentezin hücrenin neresinde olduğunu öğrenmeye çalıştılar. Bu amaçla Borsook, bir kobaya radyoaktif amino asit enjekte etmiştir. Hatta 30 dakika sonra hayvanı öldürüp karaciğerini şeker çözeltisinde parçalamışta. Derken meydana gelen çözeltiyi üç değişik hızla santrifüjde döndürmüş, ardından çekirdek, ribozom ve mitokondrileri birbirinden ayırmıştır. En nihayet yaptığı ölçümler sonucu ribozomlardaki radyoaktif amino asitlerin diğer hücre kısımlarından (Mitokondri, çekirdek gibi) iki kat daha fazla olduğunu görmesiyle birlikte aminoasitlerin ribozomlar üzerinde protein sentezine girdiğini ortaya koymuştur. Boorsok 1950 de bu deneyi yaptığı zaman ribozomların endoplazmik retikuluma bağlı olduğu bilinmiyordu. Keza Zamaecknik ve arkadaşlarının yaptıkları seri deneyler sırasında fareyi uyuşturup karaciğerini ortaya çıkarmışlar, akabinde radyoaktif amino asit kapsayan bir çözeltiyi kuyruk toplar damarına enjekte etmişlerdir. Daha sonra 2–20 dakika ara ile karaciğerden birer parça alarak asit miktarını tayin etmişler. Sonuçta ribozomların her miligramına tekabül eden amino asit miktarın endoplazmik retikulumdan arta kalan proteinlerden 7 kat daha fazla radyo aktif aminoasit ihtiva ettiğini bulmuşlardır. Böylece proteinlerin ribozomlar üzerinde yapıldığı kesin bir şekilde ispatlanmış oldu. Aslında Zamecknik ve arkadaşları belli ki bu deneylerle proteinlerin ribozomlar dışında veya endoplazmik retikulumun başka kısımlarında yapılıp yapılmadığını bulmak amacını gütmüşler, fakat kazın ayağının hiçte öyle değil..
Yapılan birçok deney sonucunda bir hücredeki protein sentezinde rol alan asıl etken faktörün;
—Çekirdekte yer alan DNA molekülleri,
—Çekirdek, sitoplâzma ve ribozom arasında hareket eden mRNA ile ribozom arasında hareket eden tRNA molekülleri sayesinde gerçekleştiği belirlenmiştir.
Hücre yönetiminde hiyerarşi
Bütün canlıların esasını teşkil eden organik bileşiklerden nükleoproteinler; nükleik asit ile bir veya birkaç proteinin birleşmesinden teşekkül etmişlerdir .Yani proteinler takriben 100 ila 3000 amino asitten meydana gelmiş organik moleküllerdir. Mesela en basitinden kan dolaşımına hayat veren aynı zamanda cana can katan bir protein olan hemoglobin molekülünde 574 tane amino asit bulunmaktadır. Düşünebiliyor musunuz kan dolaşımımızda milyarlarca kırmızı kan hücresinden sadece bir tanesinde 574 amino asit mevcuttur. Ya tamamında nasıl derseniz yapılan hesaplamalarda 280.000.000 (280 milyon) hemoglobin proteinin varlığı tespit edilmiştir. Dolayısıyla gerek oksijenin kan yoluyla vücuda transferi, gerek yediğimiz gıdaların hazmedilmesi, gerekse kanın pıhtılaşması gibi birçok kimyasal olayın yön ve hızları birçok protein veya enzim şeklinde olan proteinlerin etkisinde cereyan etmektedir. Ancak birçok araştırıcı hücre içerisinde cereyan edecek temel olayların çekirdek içerisinde DNA’da şifrelendiğine inanırlar. Onlar inana dursunlar, şu da bir gerçek DNA’nın bir direktifler kitapçığı olması demek hücre içerisinde birçok kimyasal reaksiyonların oluşumunda doğrudan tek başına etkili olduğu anlamına gelmez. Zira DNA çekirdekte olmasına karşılık hücre faaliyetlerin büyük bir bölümü hücre sitoplâzmasında cereyan etmektedir ki, arada ara elemanlarda iş başındadır. Bu nedenle DNA’dan direktifleri ileten aracı molekül mRNA sahne almaktadır. Bundan dolayı hücre mRNA vasıtasıyla gelen direktiflere karşı olumlu tepki göstererek gerekli proteinler sentezlenir. Derken hücrenin bütün fonksiyonları bir hiyerarşi içerisinde yürütülür. Bu hiyerarşinin en tepesinde ise hiç kuşkusuz DNA (gen) oturmaktadır.
DNA zincirinde yalnız bir tanesi RNA kalıbı olarak iş görür
Her hücre çift sarmal(spral) DNA helezonlardan kuruludur. Dolayısıyla hiçbir hücre genetik kartını kendi kuruluş amacının dışında başka alanlarda kullanmasına izin verilmeyip şifresine sadık kalmaktadır. Yani DNA zincirinin yalnız bir tanesi RNA kalıbı olarak iş görmektedir. Şayet DNA zincirinin her iki tanesi RNA kalıbı olarak görev yapsaydı her gen birbirinin komplamenteri iki tane RNA ürünü meydana gelecekti. Bu durumda bunlar birbirinden tamamen ayrı iki tane protein sentezini şifrelemesi gerekecekti. Fakat genetik kartlar her bir genin yalnız bir tane proteini denetlediğini göstermektedir. Buna göre ya DNA zincirinde bir tanesi kopya edilmeli ya da iki komplamenter RNA ürünü yapılıcaksa bunlardan yalnız bir tanesi fonksiyonel olmalıdır. Anlaşılan bunlardan ilk ihtimalin daha doğru olduğu gözükmektedir. Nitekim bu durum Bacillus Subtilis bakterisine ait hücrenin yönetiminde sentez edilen RNA’ nın incelemesiyle kesinlik kazanmıştır.
Protein sentezinde mRNA’nın aracılığı
Yönetici genlerden doğan talimatlar veya RNA alfabesinde A-U-G-S şeklinde yazılmış enformasyon niteliğinde start alan emirler mRNA molekülü vasıtasıyla kromozomlardan çıkıpprotein sentezi gerçekleştirmek üzere ribozomlara konuk olurlar. Yani herhangi bir ribozom her çeşit protein molekülünü yapacak durumda mevzi almaktadır. Hatta üretilecek protein çeşidi ribozomdan geçmekte olan mRNA yazılımına bağlı olarak teşekkül etmektedir. Bunun için 5 uçlu kodunla ribozoma temas eden mRNA molekülü bir barkot cihazından geçen ürünün okunması gibi okunur. Hatta okunmakla kalmayıp mRNA şeridinin ribozom üzerinde özel noktaya yanaşmış olan tRNA ile kontak kurulur da. Nihayet bu kontak sonucunda mRNA bir kodon boyu ilerleyerek kendine uygun bir tRNA ile birleşir. Böylece mRNA hızla bir yandan ribozomdan geçerken diğer taraftan ribozomun yardımıyla kendine uyan bir tRNA kodonunu hizaya getirir (sıraya sokar). Keza tRNA’nın uçlarında bulunan aminoasitlerde kendi aralarında sıralanırlar. Sırayı bildiren ise mRNA’dır. Bu arada tRNA vasıtasıyla aminoasitlerin sıralanmasına aracılık eden moleküllerin mRNA üzerinde bulunan 64 çeşit kodonla birlikte bunlara uyan aminoasitlerin hangilerinin olacağı da belirlenir. Diğer taraftan iki fosforik asit ise fosforik asit halinde ayrılıp, bir tRNA molekülü vasıtasıyla kendisini faaliyete geçirici enzim tarafından katalizlenir. Derken reaksiyon sonucunda AMP (Adenozin monofosfat) kaynaklı nükleotid tRNA’ya bağlanır. Bu sayede ilgili enzim yeniden kullanılmak üzere serbest hale geçer. Anlaşılan o ki bütün tRNA çeşitleri ucunda adenin kapsayan bir nükleotid mevcut olup, aminoasit kendi COOH grubu ve riboz şekerinin OH gruplarından biri arasındaki bir bağla nükleotide bağlanır (adenine bağlanır).
Bir mRNA molekülünün arka arkaya birçok ribozomdan geçişi
Bir ribozomdan çıkmakta olan mRNA’nın ucu bir başka ribozoma girmek suretiyle orada aynı yapıda ikinci bir protein molekülünün sentezini başlatabilir. Tabii ki bu sentez ikinci ile sınırlı değil. Şöyle ki her bir yazılımın arka arkaya dizilmiş ribozomlardan geçmesiyle birlikte anlam kazanıp protein sentezi devam ettirilmektedir. Zaten hücrede çoğu kez ribozomlar birbirine yakın olduğundan bir ribozomdan çıkan mRNA diğerine geçtiğinde yeni ribozom grupları oluşur ki, işte böyle çoklu gruplara poliribozom denir. Şurası muhakkak poliribozomun varlığı protein sentezinin çabuklaşması demektir. Yani az sayıda mRNA ile çok sayıda protein sentezi mümkün hale gelmektedir.
Protein sentezinde DNA bilgisinin genişletilmesi ya da çoğaltılması (Enformasyonnun amplifikasyonu)
Protein sentezi bir gendeki enformasyonun çekirdek içerisinde başlayan DNA yazısından mRNA yazısına ve ordanda ribozom üzerinde polipeptit yazısına tercüme edilme hadisesidir. Böylece bu üç yazı hem zincirlemesine enformasyon taşır hem de birinden diğerine tercüme edilerek çoğaltılırda. Bu çoğalma öncesi bir gendeki enformasyon başlangıçta bir adet olmasına rağmen sonraki aşamalarda ortalama her dakikada bir tane mRNA sentez edilir. Ancak bir mRNA molekülünün ömrü 240 dakika ile sınırlıdır. Bu sürenin sonunda mRNA’nın aşınıp bozulmasıyla birlikte artık çalışamaz duruma gelmektedir. Bir başka ifadeyle 240 dakikalık ömür boyunca aynı genden aldığı enformasyonla 240 adet mRNA yapılmakta olup yenisine geçişte ilk meydana gelen ölmüş oluyor. Böylece yeni meydana gelen bir mRNA molekülüne karşılık en yaşlı mRNA öleceğinden hücrede aynı enformasyonu taşıyan 240 mRNA’lık populasyon ne artar ne azalır, yani sürekli sabit kalmaktadır. Demek ki mRNA’nın taşıdığı bu bilgi tRNA’nın ve ribozomların yardımıyla polipeptit yazısına çevriliyor. Yani protein sentezi bir tercüme işi olduğundan, polipeptit yazılı 20 harflik bir alfabe ile yazılmaktadır. Hiç kuşkusuz bu yazılımda rol oynayan harfler aminoasitlerdir. Üstelik her harf RNA yazısında 3 harfli kodonluk bir kelimenin yerine geçmektedir. Bir anlamda DNA’dan mRNA’ya ve oradan da ribozom üzerinde polipeptit zincirine tercüme edilmesi sonucunda oksitosin ve vasopressin polipeptitlerin meydana gelişi sahne alır. Nasıl ki 29 harfin tesadüfen meydana gelebilmesi için bir kâinat ömrü sığmıyorsa aynen öyle de polipeptit yazılı 20 harflik bir alfabenin kendi kendine yazılımının gerçekleşmesi için dile kolay trilyonlar aşan kâinat ömrü yetmeyecektir. Tüm bu gerçekler ortada iken hala bir insanın 46 kromozomuna denk düşen 1 milyon sayfalık bilginin tesadüfle meydana geldiğini iddia etme cüretini sergilemek akıl tutulmasından başka bir şey olmasa gerektir.
Protein Sentezinde yardımcı enzimler ve enerji ihtiyacı
DNA protein yapısındaki birtakım enzimlerin yardımı sayesinde eşleşebilmektedir. Aynı zamanda buna paralel olarak kendisine yardım eden enzimlerin sentezi de DNA bilgilerinin kontrolü altında gerçekleşmekte. Bu durum bir çelişki gibi görünse de ilk yaratılış gereği ikisinin de aynı anda var olması gerekecek şekilde tasarlanmış bir plan olduğu ortaya çıkmaktadır. Yani DNA’sız protein olamayacağı gibi, proteinsiz DNA’da çoğalamayacaktır. Dolayısıyla son derece karmaşık yapıda olan protein ve nükleik asitler(DNA ve RNA)’in tesadüfî bir eser olarak meydana gelmesi mümkün gözükmemektedir.
Bilindiği üzere genetik programlar bin ciltlik kütüphaneyi dolduracak şekilde veri tabanına (bilgi deposu) depo edilirler. Üstelik bu bilgiler üç harfli veya üçlü kodon halde bir yazılımla milyarlarca bitlik bilgisayar birimine tekabül eden bilgilere eş değer sayıda dizilerek sahne almaktalar. Dahası insanın bir tek hücresine ait tüm özelliklerin kodlandığı 46 kromozomluk bilgiler 46 ciltlik dev bir ansiklopedisini dolduracak niteliktedir. Yani her bir cilt 20 bin sayfaya karşılık gelmektedir. Düşünsenize söz edilen sadece tek bir hücre için, birde bunu insan vücudunu oluşturan trilyonlarca hücreye döktüğümüzde ortaya çıkacak rakamı düşün, o zaman telaffuzu bile zor rakamlarla karşı karşıya kalacağımız görülecektir. Bu gerçeklere rağmen hala tesadüf denilecekse pes doğrusu...
James Dewey Watson asrımızın en büyük buluşu olan DNA’yı keşfetmekle birlikte birtakım soruları da beraberinde getirmiştir. Şöyle ki; acaba amino asitler mRNA’nın yüzeyinde bir sıra halinde toplanarak bir enzimin etkisi altında protein oluşturmak üzere mi birbirine bağlanırlar? Yine bir başka soru örneğin U-U-U üçlüsünün fenil alanin moleküllerine uyduğu diğer amino asitlerin uymadığı özel bir şekli mi var, yoksa üçlülerden her birinin 20 amino asitten yalnız birine uyan bir şekli mi var? Elbette ki bu tür sorular önünüzde durdukça basit mantık kurallarıyla böyle bir mekanizmayı cevaplamak mümkün görülmeyecektir. Oysa gerçek işleyen kurulu mekanizma Francis Crick tarafından şöyle açıklanmıştır; U-U-U bazlarını A-A-A nükleotid üçlüsü çekerek hidrojen (H) bağları oluştururlar. Eğer böyle bir molekülle fenil alanin bağlanmışsa mRNA doğru yerinde tutulacaktır. Mesela bir nükleotid üçlüsünün yanında prolin şifresini taşıyan S-S-S üçlüsünü G-G-G nükleotid üçlüsü kendine çekecektir. Böylece prolin fenil alanin yanında doğru yerinde tutulmuş olacaktır. Ki; RNA molekülleri, aminoasitlerin ribozomlara taşınmasında sorumludur. Bir başka ifadeyle tRNA olarak adlandırılan bu moleküllerin herbiri bir adaptör görevi (adapte edici iş görür) yapma sayesinde doğruca yerlerine gidip, böylece amino asitler istenilen tipte proteini meydana getirirler. Fakat bu işlemini gerçekleşmesi için aminoasitlerin ribozomda senteze girmeden önce özel enzimlerle tRNA’ya bağlanması gerekir. Nitekim doğru bağlanma bir veya birkaç enzimin etkisi altında gerçekleşmektedir.
Aminoasit ve tRNA kompleksinin mRNA’nın özel kodonuna bağlanmasında rRNA’nın enzimatik yardımı ve GTP’den (guanin trifosfat) sağlanan enerji sayesinde olmaktadır. Dahası mRNA üzerinde bulunan 64 çeşit kodon ve bunlara uyarlanacak aminoasitlerin bağlanış reaksiyonları M.B Hoagland açıklamışta. Buna göre herbir amino asit ATP ile reaksiyona girip bu reaksiyon sonucunda bir enzim katalizlenmektedir. Katalizlenen enzimler ise her bir amino asit için spesifik kalıp, böylece her bir aminoasit karboksil (COOH) grubu ile ATP’nin 3 fosforik asit grubundan en uçtakine bağlanır.
Yukarıda da bahsettiğimiz üzere bir mRNA’dan üretilen 5 uçlu kodunlu her enzimin bir tane olduğu belirlenmiştir. Ömür uzunluğu ise 20 saat kadardır. Buna göre 20 saat içerisinde bir mRNA’da 20x60/5=240 adet enzim yapılabileceği belirlenmiştir. Anlaşılan 240 enzim başlangıçta bir tek mRNA’nın yaptırdığı veya sabit bir şekilde devam ettirdiği sayıdır. Hücrede bunun gibi aynı enformasyonu taşıyan 240 mRNA olduğuna göre 240x240= 57600 enzim olacağı hesap edilir. Sonuç itibariye özetleyecek olursak:
Gen + 240 mRNA + 57600 Enzim (protein) üretilir. Başlangıçta DNA’dan bir tane olan enformasyon sadece mRNA ve polipeptit yazısına tercüme edilmekle kalmaz, aynı zamanda amplifikasyona (çoğaltılmış) da açık olmaktadır. Gerek James D. Watson gerekse sağduyulu birçok bilim adamı bir takım aklıevvel ve dar kafalı bilim adamlarının ileri sürdükleri görüşlerin aksine; genlerin protein moleküllerinden ibaret olduğunu tercih etmektedir. Keza Francis Crick bilim adamı da böyle şüphecilere kulak asmazdı. Üstelik o bunların birçoğunu yanlış ata kumar oynamaktan usanmayan huysuz ahmaklardır tarzında sitemini dile getirmiştir. Zaten aklı başında bir insanın toprağın altındaki her türlü elementin kendiliğinden yeryüzüne çıkıp son derece en son model araba yapamayacağını bilmesi gerekir. Elbette ki objektif bilim adamlarının da evrimcilerin çok kompleksli bir canlı âleme ait işine gelen doneleri alıp, işine gelmeyenleri ekarte ettikleri teorilerini ciddiyetle bağdaşır bulmadıklarını bu kabilden değerlendirilmelidir. Zaten hiçbir sağduyulu bilim adamı objektif kriterleri teoriye uydurmaya çalışanları esastan kabul edip bilimsel çalışmalarına kaynak alması mümkün gözükmemektedir. Kaldı ki evrimcilik karşımıza bilimsel maske altında inançsızlık olarak karşımıza çıkmaktadır.
Protein Sentezi Düzenleyen Negatif Başa Tepki Yolları (Feed-Backlar)
DNA’nın bütün hücre fonksiyonlarını yürütürken her etken unsuru ihtiyaca göre ayarlar. Enzim sentezi şüphesiz böyledir. Bir hücre içerisinde kimyasal ürünler fazla sayıda üretilince bu hücreler ya enzimlerin etkisini ilk inhibasyonla veya enzim üretimini mRNA üzerinde ikinci inhibasyonla, ya da gen içerisinde ki mRNA üretimini son inhibasyonla inhibe ederler.
Protein sentezinin yarıda kalmasını önleyen son kontrol mekanizması
Ribozomlar kendilerine gelen mRNA molekülü üzerinde yazılı enformasyona dayanarak yüzlerce, on binlerce, hatta yüz binlerce amino asit molekülünü birbirine ekleyip istenen polipeptit protein molekülünü meydana getirirler. Ancak bu söz konusu polipeptit molekül içerisine mRNA da mevcut olmayan plan dışı aminoasit fazladan eklenemez. Zaten plan dışı arızalardan herhangi biri monte edilmeye kalkışıldığı zaman istenilen tipte protein üretilmemiş olacaktır. Çünkü yabancı proteinler genellikle hücrede birtakım yan etkenler doğurmanın yanı sıra organizmada antikor yapımına ve allerjik durumlara neden olmaktadır. Öyle anlaşılıyor ki ribozom kendisine spariş edilen molekülü tam bir şekil de imal eden bir fabrika konumu üstlenmiş durumda. Spariş edilen bu molekülün yapı planı ise mRNA tarafından hazırlanmaktadır. Örneğin 20.000 aminoasitlik hammaddeden protein molekülünü yapacak bir mRNA’nın ribozomdan geçtiğini düşünelim. Hatta hücre içerisinde aynı anda binlerce mRNA’nın onbinlerce ribozom üzerinde harıl harıl aynı protein sentezini yaptığını varsaydığımızda bazı aminoasitlerin tükenmesiyle birlikte bir takım aksiliklerin ortaya çıkabileceği kaçınılmaz kılacaktır. Neyse ki hücre böyle hesapsız sürprizlere karşı tedbirsiz kalmayıp düzenli çalışabilecek bir donanıma sahiptir. Çok istisnai hatalar dışında yanlış kodlanmış bir protein molekülü hücre içerisinden dışarıya asla çıkarılmasına müsaade verilmemektedir. Yani yapımı biten bir protein molekülün son aminoaside takıldığında hepsinin tamam olduğu bir sonlanma hemen gerçekleşmez. Bir başka ifadeyle son anda bir eksikliğin olabileceği göz önünde bulundurularak yanlış hesap Bağdat’tan döner misali plan dışı bir molekülün ortama salıverilmesine izin verilmemektedir. Zira öylesine bir sınırsız hoşgörülük kontrol sistemini altüst edeceğinden hücrenin anarşileşmesine yol açacaktır. Böyle bir durum ancak hücrenin kanserleşmesinde ya da ölüm halinde meydanagelmektedir. Normal ve sıhhatli hücrede ise yapısı tamam olmayan moleküller derhal yıkıcı bir enzimeteslim edilerek mevcut nizamın devamı sağlanır.Öyle ki bu yıkıcı enzimhücre nizamının tesisi adına harici molekülün tümünü veya birçok peptit bağlarını koparacak güçte vazife görmektedir. Yani söz konusu molekülü aminoaside veya zararsız küçük polipeptitler haline çevirmenin yanı sıra yeni sentezlerde kullanılacak yapı taşları halinde serbest hale getirilmektedir. Ancak yine de böyle bir kontrol mekanizması, protein sentezi sırasında doğabilecek bazı zararları önlemek için yeterli değildir. Mesela aminoasit eksikliği yüzünden bir protein molekülü tamamlanamıyorsa sadece ilgili ribozom ve ilgili mRNA vasıtasıyla protein sentezinin durdurulması ya da yapılmış olan polipeptit zincirlerinin dağıtılması mümkün olmayabiliyor. Nitekim arızalı yapının başka ribozomlara girip yarıda kalacak sentezleri başlatmaması için mutlaka ilgili mRNA molekülünün ayrıştırılmasını gerektirmektedir. O halde daha tam ve daha geniş kapasiteli bir kontrol sistemine ihtiyaç vardır, ama nasıl? Şöyle ki bunun için mRNA’yı yapmış olan gen (DNA) tarafından aynı tipte başka mRNA moleküllerinin yapılmaması veya yapılmış olanların da toplatılıp yok edilmesine yönelik kontrol sistemi devreye girecektir. Eğer böyle olmazsa ribozomlar boşuna çalışmış olacaklardır. Kaldı ki hücrenin ne boşa harcayacak zamanı var ne de fazla harcayacak enerjisi var. Çünkü her oluşan peptit bağının kuruluşu 1 ATP’lik yani 8000 küçük kalori ile işler hale gelmektedir. Bu nedenle milyonlarca peptid bağının yapboz misali yeniden kurulup inşa edilmesi gibi lüks bir enerji kaybına asla müsaade edilemez. Eğer müsaade edilirse boşa çıkan ısı hücreyi yakıp ölmesine yol açacaktır. Belli ki hücre içerisinde cereyan eden protein sentezi olayı mükemmel bir organizasyon ve kusursuz bir kontrol mekanizması ile yürütülmektedir. Ayrıca Mendel deneylerinin bize hatırlattığı bir gerçek var ki; DNA’ya sirayet eden hastalıklı bir gen ta ki açığa çıkmasına uygun bir ortam yakalayana dek yedi göbek uzanabilmektedir. Zaten yedinci nesilden sonra uygun bir fırsat bulup ortaya çıkamıyorsa, artık bu noktadan sonra DNA’dan düşüp ortadan kaybolması muhtemel dâhilindedir. Aynı durum sadece hastalıklı genlere mahsus bir durum değil elbet, faydalı ve işe yarar genler içinde geçerli bir akçe. Halk arasında herhangi bir insanın iyi veya kötü hallerine karşılık kullanılan “Herkes aslına çeker” ifadesi bu olsa gerektir. Bu yüzden uzmanlar maraz yapılı genlerin güçlenmemesi adına akraba evliliklerinden şiddetle kaçınmamızı önermektedirler.
Protein nasıl yapılır (Santral dogma)
Şimdiye kadar olan basamakları özetlersek:
— Çekirdekte yer alan DNA molekülü kendisinin özel bir koplamenteri olan mRNA’nın sentezini yapar. Bu sırada DNA’nın nükleotidleri kendine uyan RNA nükleotidleri ile eş yaparak bir dizilim meydana gelmektedir. Şöyle ki DNA’nın adenini RNA’nın urasili ile, DNA’nın timini RNA’nın adenini ile, her ikisinin stozini diğerinin guanini ile bir araya gelip, bu şekilde DNA yazılımının yeni mRNA molekülünce kopyasının alınması olayı gerçekleşmektedir.
—İkinci aşamada mRNA sitoplâzmaya geçerek bir ribozoma bağlanır ve burada proteinlerin sentezi sırasında kalıp olarak iş görür.
—Üçüncü aşamadatRNA molekülleri sitoplazmada serbest kalarak yüzen amino asitleri teker teker yakalayıp onları ribozoma getirir. Böylece her amino asit tRNA tarafından taşınarak ribozomlardan geçmeye hazır vaziyette mRNA ile uyumlu aynı zamanda şifresine uygun bir şekilde sentezlenir.
— Dördüncü aşamadasentezlenen yeni protein molekülü ribozomdan koparak ayrılınca mRNA başka bir ribozoma geçiş yapar. Bu arada tRNA ise daha önce taşıdığı tipte olan başka aminoasidi yakalamak üzere yeniden stoplazmaya doğru hareket eder. Böylece DNA şifresi kendine özgü protein çeşitlerini yapmak amacıyla hemen hemen birbirinin aynı kalıpta birçok protein molekülünün yapımı gerçekleşir. Nitekim bu hipotez santral dogma olarak isimlendirilip, “DNA + RNA’yı + RNA’da proteinleri yapar” şeklinde özetlenebilir. Görüldüğü gibi aminoasit sıralarının belirlenişinde DNA kalıp görevi yapmamakta, tam aksine protein sentezi için talimat vermektedir. Yani DNA’daki genetik bilgi önce RNA’ya aktarılır, daha sonra RNA’da gereğini yapıp bilginin adeta kalıp dokümanını ortaya koymaktadır. Derken kısa süreli hafıza kartında saklı kalan bilgiler, ister istemez yeni bir alana kavuşurlar. Hatta kavuşmakla kalmazlar mevcut hücre ortamın yapısını da değiştirerek hücrede yeni bir RNA molekülünün teşekkülüne imkân verilir. Mesela protein sentezi sırasında 10–30 dakika arasında konaklayan RNA şayet kendi yapısına uygun bilgi veya ilave edeceği bir şey yoksa bu noktadan sonra bozulmaya uğraması kaçınılmaz olacaktır. Ne zaman ki kendisiyle alakalı bir bilgiye kavuşur, işte o zaman bilgiler kısa süreli kayıt sisteminden çıkıp daha uzun kayıt altında saklanan belleğe aktarılmak suretiyle DNA’ya dönüşürler. Demek ki kısa süreli hafıza kartından geçen elektrik akımı hücrenin yapısında birtakım değişikliklere yol açmakla kalmayıp, bunun yanı sıra RNA vasıtasıyla başka bir bilginin doğmasına yelken açabiliyor. Hatta RNA’nın uzun süre hafıza kartında kalmasına karar kılındığında ise doğrudan DNA’ya bağlanarak aminoasitlere dönüşebilmektedir. Böylece o bilgiler ebedi olarak bizimle birlikte yol arkadaşımız olur. Yani hayatta işlediğimiz tüm eylemlerin tüm detayları önce hücrelere aktarılır, sonra ribonükleik asitlere ve en nihayet DNA’mıza işlenerek bir daha yakamızdan asla atamayacağımız bilgi haline geçmektedirler. Bu olay aynı zamanda Allah’ın yoktan yaratma olayını hatırlattığı gibi kulları üzerinde ki kader çizgisini de ortaya koymaktadır.
Biyolojik Şifre (Genetik şifre)
Şifre sembolleri
Evrimciler DNA’da ki şifre ve kodların tesadüfî, yanılma veya kazaen meydana geldiğini ileri sürmektedirler. Oysa şifre bir bilgiyi bir şekilden diğer şekle çevirmek için kullanılan semboller sistemidir. Mesela yazılı dil insan tarafından kullanılan bir tür şifre sistemidir. Bilindiği üzere Türkçede 29 harf sembol var olup, bu sembollerle istenildiği kadar kelime üretilmektedir. Keza DNA molekülleri de çok uzun oldukları halde sadece 4 harfli alfabeden ibaret bir “ol” emri diliyle yazgı gerçekleşmektedir.
GENETİK ŞİFRE
DNA için insanvücudunda akla gelebilecek her ne varsa A’dan Z’ye tüm bilgileri bünyesinde eksiksiz olarak barındırdığı bir yapı planı olarakdeğerlendirebiliriz. Zira vücudumuza ait gerek iç, gerekse tüm dış bilgiler dört harfli bir alfabetik şifre sistemiyle kayıt altına alınmıştır. O meşhur dört harfli alfabe nedir derseniz, hepimizin yakından bildiği adenin, timin, guanin ve sitozin (A, T, G, C) denilen nükleotid bazlardan başkası değildir elbet. İşte DNA’daki tüm bilgiler bu bazların kendine özgü diziliş sırasıyla kodlanmaları sayesinde gerçekleşmektedir. Nitekim bilimsel araştırmalar sonucunda nükleik asitlerin tüm organizmaların genetik maddesini teşkil ettiği, genlerin ise belirli proteinlerin yapımını sağladığı ortaya çıkmıştır. İşte bu iki grup (Nükleus ve genler) arasında en önemli ortak payda her ikisinin de belirli sayıda yapıtaşından meydana gelmiş zincirler olmasıdır. Aynı zamanda proteinleri oluşturan aminoasitlerin dizilişi zincirde yer alan polipeptidin biyolojik özelliğini de ortaya koymaktadır. Dolayısıyla insanlar arasındaki fiziki farklılıklar bu dört bazın diziliş esnasında nükleotidlerin farklı pozisyon almasından kaynaklanarak gün yüzüne çıkmaktadır. Zira herhangi bir geni oluşturan nükleotidler üzerinde oluşabilecek bir sıralama hatası o geni ister istemez iş göremez hale gelmesini kaçınılmaz kılabilmektedir. Hele hele insan vücudunda 200 bin genin olduğunu yakından takip edenler bu sıralamanın hedefinden sapmadan daha kompleks yapılı işlere yönlendirildiğini gördüklerinde hayretler içerisinde kalmaktadır. Hatta uzun bir zaman diliminde ömrünü moleküler evrim teorisine inanan Francis Crick DNA zincirlerin düz olması nedeniyle genlerdeki nükleotidlerin sırasıyla proteinlerin yapıtaşları olan aminoasitlere uydurulabilir demiş olsa bile gerçek anlamda DNA’yı keşfettikten sonra biyolojik nizamın bir mucize olduğunu itiraf etmek mecburiyetini hissetmiştir. Böylece DNA molekülünün kompleks yapısı sayesinde bir kez daha hayatın bir mucize olduğunu, asla tesadüfi bir eser olarak ortaya çıkamayacağını anlamış oluyoruz. Tabii mesele burada bitmiyor, dahası var. Şöyle ki Yaşamın temel kuralları kitabıyla ünlü evrimci Prof. Dr. Ali Demirsoy; “Bir proteinin ve çekirdek asit ( DNA ve RNA)’in oluşma şansı tahminlerin çok ötesinde bir olasılık olduğunu, hatta belirli bir protein zincirinin meydana gelme şansı astronomik denecek kadar azdır” tarzında itiraf etmek zorunda kalmıştır. Hatta Amerika’da “Biyolojide Olasılık Araştırma Merkezi” adlı akademik kuruluş Amerikan alfabesinin 26 harfli olmasından hareketle alfabetik deney yapmayı tasarlanmışlar. Derken 26 harflik alfabe ile 30.000 çekiliş yapılması öngörülmüştür. Böylece tasarlandığı şekilde ortaya çıkan sözcükler arasında bir anlam içerenlerin sayımı dokümanı ortaya çıkarıldığında; ilk iki harfli olanında 4890 adet, üç harfli kelimede 113, dört harflide 139, beş harflide 17 anlam çağrıştırabilecek türden sözcüğün çıktığı gözlemlenmiştir. Bir başka ifadeyle mesela altı harfli sözcüklerde anlam kaybının 3’e düşerek gittikçe azalan bir periyotla karşı karşıya kalınmıştır. Hâsılı kelam 30 bin harf arasında kala kala 7 harflik bir adet sözcüğün anlam içerdiği tespit edilebilmiştir. Biz bu ihtimal hesabını protein alfabesi tarzında ele aldığımızda, madem protein sentezi 20 amino asitlik bir alfabeyle gerçekleştiğine göre en basit bir canlının protein yapısını oluşturabilecek anlam yüklü bir kelime ortaya çıkması için her harf için ¼ ila 1/5 harf arasında seyreden bir oran olması icap etmektedir. O halde bu orandan hareketle 400 harfli bir çekiliş için alfabe sayısı 20 olduğuna göre 4’ün 400’üncü kuvvetine tekabül eden 10240 rakamını elde ederiz. Bunun anlamı trilyon sözcüğünün 20 kez tekrarlanması demektir. Bu durumda hala 400 amino asid zincirinden bir tane işe yarar proteinin trilyon sözcüğünün 20 kez tekrarlanmasıyla ancak ortaya çıkabilecek uçuk bir ihtimale dayanarak hala her şeyin tesadüfen meydana geldiği söylenebiliyorsa pes doğrusu.
http://www.facebook.com/pages/Selim-G%C3%BCrb%C3%BCzer/270156429678799?sk=wall

09-24-2011, 16:14	#1
Kullanıcı Adı alperen	PROTEİN SENTEZİ PROTEİN SENTEZİ ALPEREN GÜRBÜZER Hücre hayatında proteinler: Protein denilince genel itibariyle adalelerimize güç katan süt ve et gibi protein içeren gıdaların özü biliriz hep. Oysa proteinleri amino asitler yapısında hidrojen, oksijen,azot, karbon ve kükürt bulunan küçük moleküllü bileşikler olarak tanımlarsak daha bir gerçekçi tanım yapmış oluruz. İşte bu beş elementli bileşikler dev moleküllü protein zincirleri oluşturmak üzere 20 çeşit amino asit üretirler. Bu arada her bir amino asidin hücre ve dokularda reaksiyon oluşturabilmesi için mutlaka 3–5 tanede olsa mutlaka enzime ihtiyaç vardır. Bu enzimlerin bir tanesinin bile görevini askıya alması demek vücudumuzun iflası demektir. Çünkü bir hücrede biyokimyasal reaksiyonların herbiri özel bir enzim tarafından yapılır. O halde hücrelerin değişik fonksiyonel işlev görmesi farklı enzimlere sahip olmalarından ileri gelir. Madem enzimlerde protein olduğuna göre mutlaka hücrelerin fonksiyonel özellikleri de proteinlere bağlı seyredecektir. Sadece enzimlerin protein olduğunu düşünmek bile bu maddelerin hücre hayatında önemini anlamaya yeter artarda. Bir hücrenin bütün kısımlarının yapısında proteinler bulunur çünkü. Öyle anlaşılıyor ki canlılık cansızlık üzerine kurulu olmayıp, bilakis başka bir canlı ortamı üzerinde inşa olmaktadır. Nitekim cansız maddeleri sentezleyerek bir canlılık meydana getirmek imkânsızdır. Zaten bu tip denemeler yapılmış ve her denemelerin sonucu hüsranla bitmiştir. O halde canlılık denen hadise tamamen bir yaratış olayıdır. Maalesef yaratılış olayını anlamak istemeyenler protein sentezini sıradan bir kimyasal reaksiyonmuş gibi algıladıklarından sanki amino asitler gelişi güzel bir takım reaksiyon neticesinde birleşerek protein meydana getiriyormuşçasına basit bir hayat hikaye tarzında sunum yapıyorlar. Oysa protein sentezi asla böyle bir basit mantıkla açıklanabilecek bir olay değildir. Zira laboratuar ortamında cansız tabiattan elde edilen kimyasal maddelerle yapılan deneylerle taş patlasın ancak son derece sınırlı sayıda basit ve ilkel bileşikler elde edebiliriz. Dolayısıyla protein yapımını basit ve ilkel bileşik karışımı gibi sunmak bir şeyleri gözden kaçırmak hamlesi olarak yorumlamak daha doğru olacaktır. Dahası protein sentezi için değim yerindeyse devasa bir tesisin devreye girmesi söz konusu olmalı ki kompleks protein yapıları meydana gelebilsin. Kaldı ki değil bir kırmızı kan hücresini, bu hücrenin içerisinde mevcut olan tek bir hemoglobin proteini bile defalarca deneme yanılma yöntemiyle de elde etmeye çabalasanız bu iş için sadece bir dünya ömrü değil birkaç dünya ömrünün bile yetmeyeceği aşikârdır. Zira her şey biyolojik bir nizam çerçevesinde oluşuyor. Zaten tabiatın böyle bir deneme yanılma yöntemine dayalı bir protein üretme tesisini belki masallarda bulabiliriz, ama realite masal kabul etmez. Proteinler nerede yapılır? Protein sentezi denilen olay her hücrede mevcut olup, asla deneme yanılma yoluyla değil özel bir mekanizma ile gerçekleşmektedir. Üstelik o özel şartlarda daima koruma altında cereyan etmektedir. Aksi takdirde olumsuz şartların etkisiyle proteinler parçalandıktan sonra spesifik özelliğini kaybedip her biri işe yaramaz bir madde haline dönüşeceklerdir. Tabiî özel şartların korunması da yetmez, ayrıca proteinlerin sadece sol-elli amino asitlerden müteşekkil olmaları da icap eder. Yani aralarına kesinlikle bir tane bile olsa sağ-elli amino asitin sızmaması şarttır. Dikkat ettiyseniz şart koşuyoruz. Çünkü protein sentezi belli kayıt ve kurallara bağlanmış. Dolayısıyla kendisi için rol biçilen kaideler ne ise onun gereğini yapmak mecburiyetindedirler. Hatta bu kurallar DNA ve RNA içinde geçerlidir, ama bir farkla. Zira onların da kendilerini oluşturan nükleotidlerin sadece sağ-elli olmak mecburiyetleri vardır. Protein yapımı konusunda şartlar burada bitmiyor, devamı var. Şöyle ki; amino asitlerin bir araya gelip dizilmelerinin yanı sıra, birde bunların uygun bir şekilde bağlanma zorunluluğu söz konusudur. Öyle ki bu zorunluluk şartın yerine getirilebilmesi için ayrıca amino asit zincirinin kolları arasında adına peptit bağı denilen bir bağın bağlanması gerekmektedir. Elbette ki amino asitler sadece peptit bağları ile bağlanmazlar, çok değişik bağlarla da bağlanabilir, ama söz konusu protein yapımı için peptit bağı oluşturmak mecburidir. Yani bu bağlanma tarzı belli ki protein yapımına has bir spesifik durumu ortaya koymaktadır. Anlaşılan o ki protein oluşumunda gerek sol-ellilik kaidesi, gerekse peptit bağı ile bağlanma mecburiyeti önceden ilahi bir güç tarafından biyolojik programın gereği böyle ayarlandığını göstermektedir. Her nedense Amerikalı araştırmacı Stanley Miller tarafından ortaya konan adına Miller deneyi, hayatın tesadüfen meydana geldiğini savunanlar için bir delil gözüyle bakılmaktadır. Gerçektende Millerde başlangıçta amino asitlerin tesadüf eseri olarak ortaya çıkabileceği pekiştirmek adına ilk dünya atmosferinde var olabileceğini düşündüğü metan, hidrojen ve su buharı karışımına dışardan verilecek suni bir elektrik şok enerji yardımıyla 100 santigrat derecelik bir ortamda bir hafta beklettikten sonra elde ettiği sonuçla canlılığı ispatlayacağını sanıyordu. Ama gel gör ki analiz çalışmaları sonucunda beklenen 20 çeşit amino asitten sadece üçünü sentezleyebilmiştir. Yine de bu deney bazı çevreleri öylesine heyecanlandırdı ki adeta “Miller hayat yarattı” denilecek kadar ok yaydan çıkarcasına manşetlere taşınabilmiştir. Oysa ortada canlılık denen bir şey yoktu, sentezlenen bir şey varsa o da bir takım cansız moleküllerdi. Maalesef bazı aklıevveller hemen iki üç cansız molekülün sentezlenmesinden medet umarak kafalarında kurgu filmlerini aratmayacak tarzda “Biz hücreyi yaratırız” şovuna dönüştürmüşlerdir. Onlar bilim kurgu senaryolarını kafalarında canlandıra dursunlar Miller deneyinin yapılış düzeneği bile dünyanın ilk yaratılış şartları ile taban tabana uyuşmadığı, aynı zamanda aldatmaca bir bilim kurgu senaryosundan ibaret olduğu anlaşılmıştır. Hatta senaryosu önceden tasarlanmış ve bilim kurgularını aratmayacak handikaplarını şöyle sıralayabiliriz; —Miller adına soğuk tuzak (cold trap) dediği bir dediği bir düzenekle amino asitleri izole etmeye çalışmıştır. Oysa ilkel tabiatın doğuşunda böylesine bilinçle hazırlanmış herhangi bir aygıt ortamı yoktur. Dolayısıyla birinci handikapı ta baştan deney ortamı ile ilkel dünya ortamı arasında derin bir uyuşmazlığını ele vermektedir. Zaten protein yapımın kimyasal olarak ilkel dünya şartlarında oluşmasını imkânsız kılmaktadır. —Bir kere bilim adamlarının hem fikir olduğu ilkel atmosfer ortamının Miller’in öne sürdüğü metan, amonyak yerine tam tersi atmosferde azot ve karbondioksit olduğu yönündedir. Dolayısıyla ikinci handikapları atmosfer uyuşmazlığı olarak ortaya çıkmaktadır. Hatta Miller kendi deneyinde kullandığı atmosferik ortamın gerçekçi olmadığını itiraf etmişte. Nitekim bing-bang (büyük patlama) sonucunda ortaya çıkan tabloda dünyamızın sıcak olduğunu düşündüğümüzde ergimiş halde nikel ve demir karışımı ağırlıklı bir ortamın olacağı muhakkaktır. Bundan hareketle o ilk patlayışın ardından daha yeni şekillenmeye başlayan atmosferin azot, karbondioksit ve su buharından müteşekkil olması kaçınılmazdır. Zaten J.P.Ferris ve C:T Chen yukarı da adından bahsettiğimiz ilkel atmosferi oluşturan bu kimyasal terkiplerle Millerin deneyini tekrarladıklarında elle tutulur bir amino asit bile elde edememişlerdir. Çünkü ilk oluşumunda yer alan bu kimyasal gazlar organik moleküllerin meydana gelmesinde bir amonyak ve metan gazı kadar elverişli değillerdir. — Bilindiği üzere Miller deneyini oksijeni dikkate almadan yürütmüştü. Nitekim bu durum da üçüncü handikap olarak ilk atmosferde yoğun bir şekilde oksijen varlığının tespiti Millerin deneyini tek başına geçersiz kılmaya yetebiliyor. Dahası oksijenden kaynaklanan ültraviyole ortamının bulunduğu ortamda bir tek amino asidin yaşamasını imkansız kılmaktadır. Zira bilim adamları o devirlerde 10 bir misli ültraviyole ışınların yeryüzüne ulaştığını söylemekle kalmayıp, bu yoğun bombardıman altında aminoasitlerin tümünün parçalanmasından doğal daha ne olabilir diye haykırmaktalar. Miller deneyinde zaten oksijen kullansaydı metan gazı karbondioksit ve suya, amonyak ise ister istemez azot ve suya dönüşecekti. Kaldı ki ilkel atmosferde oksijen olmadığını farz etsek bile bu seferde ozon tabakası olmadığından yine amino asitler doğrudan ültraviyole etkisiyle karşı karşıya kalıp, böylece parçalanmak zorunda kalacaklardı.. Demek ki ilkel atmosfer şartlarında oksijenin yokluğu da bir dert, yoğun bir şekilde fazla oranlarda olması da ayrı bir derttir. Sonuçta her iki durumda aminoasitler için yok edici ortamdır. —Biz biliyoruz ki canlılık sol-elli amino asitlerin iştirakiyle gerçekleşebilmektedir. Maalesef Miller deneyinin dördüncü handikabı ise bol miktarlarda sağ-elli amino asitlerin ortaya çıkması yaptığı deneylerin güvensizliğine daha da güvensizlik katmaktadır. Yukarda sıraladığımız handikapları bir bütün olarak değerlendirdiğimiz de Miller deneyi canlılığın ilkel dünya şartları ortamında tesadüfen sahne aldığını ispatlamaktan aciz olduğunu göstermektedir. O halde şimdi sormak zamanıdır, soruyoruz da: —Hani bu deneyle belirlediğiniz o bilinçli laboratuar ortam şartları, ilkel dünya şartlarının neresin de var? —Hani bu deneyle belirlediğiniz o kontrollü mekanizmaya dayalı düzeneğiniz ilkel dünya şartlarının hangi düzeneğinde var? —Hani bu deneyle belirlediğiniz o en ideal ölçülerin ilkel dünya şartlarının hangi terazisinde mevcut? —Hani bu deneyle ortama verilen o enerji miktarı ilkel dünya şartlarının hangi enerji santralinde var? —Hani bu deneyle büyük bir itina ile hazırlanmış olduğunuz o düzeneğinizin malzemeleri ilkel dünya şartlarının hangi lojistik donanımında yer alıyor? Biliyorum bu sorularla bir takım çevrelerin canı çok sıkıldığını. Ama mecburuz, çünkü yaratılışa sataşma söz konusu. Sahtekarlıklarının gün yüzüne çıkmaması adına öylesine deney aygıtını amino asitlerin oluşumunu engelleyici yabancı unsurlardan arındırılmış bir vaziyette hazırlamışlar ki bu soruları sormak zorunda kaldık. Nitekim ilkel dünya şartlarında mevcut birçok elementler ne hikmetse deney tüplerine almamışlar. Belli ki olayların seyrini bir anda altüst edebilecek en ufak planlarını bozması muhtemel hangi unsur varsa hepsi kendilerince elimine edilmiştir. Tabiî ki kurnazlıklarına diyecek bir şeyimiz yok, doğrusu bu konuda maşallahları var. Ne kadar kurnaz olursalar olun sonunda Darwin’i kurtarmak adına sarıldıkları Miller deneyiyle aslında büyük iştiyakla savundukları evrim teorisini kendi elleriyle bir kez daha mezara gömmüş oluyorlar. Demek ki bu işler iyi ayarlanmış özel ortamlarla ve bilinçli müdahalelerle kontrollü laboratuarla ilkel dünya şartlarını açıklamaya yetmiyor. Nasrettin Hoca hanımına; un var, şeker var, yağ var, ama tüm bu varların içerisinde niye helva yoktur demiş ya. İşte evrimcilerinde hali de aşağı yukarı bunun gibi bir şey. Köşeye sıkışan evrimciler bu sefer Sdney Fox’un; “ilk amino asitler ilkel okyanus şartlarında oluşup, ansızın akabinde bir volkanın yanındaki kayalıklara sürüklenerek yüksek ısının etkisiyle bünyesindeki suyun buharlaşmasıyla birlikte kuruyan amino asitler şeklinde proteini meydana getirmişlerdir” görüşüne tutunmaya başlamışlardır. Oysa yapılan bir takım analiz çalışmaları neticesinde yüksek ısıda amino asitlerin bozulduğunu göstermektedir. Bu durum karşısında Fox mücadelesinde yılmadı, usanmadı ve laboratuar ortamında kendine has şartlar altında damıtılmış aminoasitler kurumaya bırakılıp sonradan bu amino asitler ısıtılarak birleştirilmesi yoluna gidilmiştir. Fakat analiz çalışmaları sonucunda ortaya birbirlerine rasgele bağlanmış sıradan birkaç anormal amino asit halkalarından başka bir şey ortaya çıkmadı. Üstelik yapılan deneyde Millerin ardından bıraktığı enkazın üzerine değil canlı organizmalara ait amino asitler üzerine inşa edilmiştir. Madem Millerin devamı olduğunu ileri sürüyorsunuz, o halde onun ürettiği işe yaramaz amino asitleri materyal kullanmak daha etik olmaz mıydı? Şurası muhakkak gerek Fox ve gerekse diğer bilim adamlarının elde ettiği hiçbir anlam içermeyen suni birkaç amino asit zincirlerin (proteinoidler) oluşumu tabii şartlarda meydana gelmesini beklemek denize düşen bir inci tanesini bulmak gibi imkansızlığa sarılmaktan başka bir şey değildir. Elbette ki çok özel tekniklerle dünyanın oluşumunda olmayan başka şartlar altında amino asitleri bir şekilde bağlama başarılarına itirazımız olamaz. Bizim itirazımız ortaya çıkan düzensiz protein diye sundukları ürünlerin proteinden ziyade işe yaramaz birtakım lekelerle işte canlı böyle oluştu iddiasınadır. Böylece tüm cümle âlem anladı ki öne sürdükleri protenoidler gerçek proteinlerle yakından uzaktan hiçbir alakası olmayan birer ucube yapılardır. Cansız maddeden canlılık oluşturma adına büyük çapta havuzlara istediğiniz kadar kimyasal madde atın, istediğiniz kadar dışardan her türlü gaz pompalayın, hatta istediğiniz envai türden radyasyon takviye edin, sonrada bu attığınız maddeleri devasa mikserlerle karıştırıp ısıttığınızda bile sonuçta hayat için gerekli olan 2000 enzimden en iyimser tahminle belki birkaç amino asit, birkaç basit kimyasal madde sentezleyebilirsiniz. Bunun ötesine gidemezsiniz zaten, çünkü orda yaratılış gerçeği var. Maalesef bu kafa yapısıyla ne amino asitlerin oluşumunu aydınlatabildiniz ne de proteinlerin oluşumunu. Üstelik hayat biyokimyası sadece proteinle de sınırlı kalmayıp hücre denen bir yapıya doğru ilerleyerek mesele daha da çok karmaşık bir hal almaktadır. Şimdi bu noktada amino asit ve proteinle baş edemeyen evrimciler daha kompleks bir yapı olan hücreyle nasıl baş edecekler doğrusu çok merak ediyorum. Oysa hücre âlemi sadece basit bir protein yığınından ibaret olmayıp, bünyesinde birçok sistemin barındığı canlı bir mekanizma olarak karşımıza çıkmaktadır. Hakeza James Watson ve Francis Crick’in gün yüzüne çıkardığı kompleks yapıdaki nükleik asitler (DNA ve RNA)’de öyledir. İlkel dünya atmosferin bünyesinde ihtiva ettiği gazların amino asit sentezini imkan vermediği anlaşılması üzerine, bu seferde proteinlerin bilgisini taşıyan RNA molekülünün oluştuğu senaryosu tezi ileri sürülmeye başlanıldı. Walter Gilbert tarafından ileri sürülen bu teze göre nasıl olmuşsa milyarlarca yıl önce RNA kendi kendine tesadüfî bir eser olarak ortaya çıkmış, akabinde çevre şartlarının tesiriyle proteinler imal etmeye başlamış, derken en nihayet DNA molekülü doğmuş güya. Gerçekten ileri sürülen bu tezlere gülesin mi ağlayasan mı, doğrusu şaşmamak elde değil. İnsan ister istemez bu cümleler karşısında nasıl oluyor da hayali nükleotidler nizami bir dizilimle bir araya gelip RNA’yı meydana getirmiş sorusunu sualsiz geçiştirmek istemiyoruz. Dahası RNA en mükemmel laboratuar şartlarında bile sentezlenmesi zor iken nasıl oluyor da ilkel dünya şartlarında kendi kendine meydana geliyor doğrusu sormadan edemiyoruz. Hadi bundan vazgeçtik madem RNA kendi kendine tesadüfen meydana gelmiş yine hangi tesadüfî bilgiyle kendi kendini kopyalamayı akıl edebilmiş, ya da kendisini kopyalarken kullanacağı nükleotid elemanlarını nereden temin etmiş sorusunu bir kez daha sormadan edemiyoruz. İşte bu sorulardan da anlaşıldığı üzere karman çorban bir karışımdan ansızın hayali bir RNA masalı ile karşı karşıyayız. Hâlbuki RNA canlılığın oluşumu ile yakından uzaktan alakası olmayıp bilakis protein yapımıyla alakalı bir bilgi deposudur. Ne zamandan beri bilgi protein üretecek duruma gelmişte biz duymamışız, bir bilen varsa çıksın anlatsın. Bir kere bilgi hammadde değil, adı üzerinde bilgi. Amino asitler, malum hammadde hükmünde fonksiyon icra ederler hep. Onların hezeyanlarına kulak assak Nasreddin Hocanın hikâyesini tersinden alıp ortada un yok, şeker yok, yağ yok ama helva var demek durumunda oluruz ki işin içinden çıka bilene aşk olsun. Kaldı ki bir protein hücre alemi içerisinde birtakım kompleks işlemler sonucunda yoğrulup birçok enzimin etkisiyle ribozomlar üzerinde üretilirler. Ribozomun bizatihi kendisi de karmaşık bir yapıya sahip bir üretim fabrikası. Dolayısıyla bir çok kompleks yapının aynı anda bir araya tesadüfen gelerek büyük organizasyonlara imza atmalarını beklemek hayalden de öte bir başka uçuk hayal olsa gerektir. Başta demiştik RNA malzeme değil bilgi diye. Bilgi aynı zamanda şifre (DNA veya RNA) demektir. Bilgi öyle bir güç ki insanın genini bile değişime uğratabilmektedir. Nitekim bilgi beyine misafir olduğunda içi boş bir varlık olarak hiçbir anlam ifade etmezken, ne zaman ki beyin tarafından değerlendirmeye tabii tutulup işte o zaman protein sentezi oluşmasıyla birlikte DNA’yı değiştirdiğinde, anlam ifade eden bir varlık haline gelebilmektedir. Buradan hareketle tek başına protein sentezini bilgiye endekslemekte yanlış olup, bir bütün olarak değerlendirmek gerekir. Zira nükleik asitlerde ki bilgiler ya da şifreler transfer edilmediği müddetçe havada kalmaya mahkûm kalacakları muhakkak. Dahası bilgi transfer işlemleri minimum 50 makro molekül parçayla mümkün hale gelip, bu parçaların her biri DNA ile kodludur. Dolayısıyla şifrelenmiş bu makro molekül parçaları olmaksızın transfer işlemlerin gerçekleşmesi imkânsızdır. İmkânsızlıkları zorlayarak hala RNA zincirinin bizim bilmediğimiz bir takım tercih veya metotlarla 50 makro molekül parçalarının göreceği işi tek başına protein sentezinin üstlenerek ürettiğini söylemek safdillik olsa gerektir. Modern biyoloji bilimi bangır bangır proteinlerin yardımı olmadan RNA’nın kendi kendini kopyalamasını mümkün olmadığını ortaya koymasına rağmen bu inat niye? Hayatın kaynağını RNA’da arayacağınıza “Hayy” da arasalar olmaz mı? Allah hayat sahibidir, başkalarını hayat sahibi ilan etmenize gerek yoktur. Hani zaman zaman “Hay’dan gelir huy’a gider” söyleriz ya. O söz aslında tasavvufi güzel bir sözdür. Şöyle ki “Hayy’dan gelir Hu’ya gider” sözü Allah’tan (hayattan) geldik O’na gideceğiz demektir. Yani O’na, mutlak varlığa ve Zat’a gitmek manasınadır. İşte aşk bu. Zaten aşk olmazsa işimiz zordur. Dileriz ki, Allah hepimize aşkı nasip etsinde işimiz kolay olsun, Olur ya belki dogmatik ve hayali sapkın fikirlerden cümle alem kurtulurda metafizik aşk yoluna gireriz. Onun için bu gün dünden de daha çok aşka ihtiyacımız var. Aksi takdirde haramilerin sayısı gün geçtikçe daha da artacaktır. Dahası kullandığı alet ve adavetleri de çoğalacaktır. Yinede ne kadar çoğalırsalar çoğalsınlar hayat için gerekli olan tüm malzemeleri bir deney tüpüne koysalar da ve bu deney tüpü içerisindeki malzemelerin dirilmesi adına ne var ne yok tüm metotları tatbik etselerde ondan bir diri yaratamayacaklardır. Nitekim bu tür denemeler uzun yıllar çok kez sınandı, sonuç elde var sıfır. Bu yüzden birzamanların hayatın tesadüfi olarak çıktığına inandırılan matematik ve astronomi Profesörlerinden Chandra Wickramasinghe; “..şu an geldiğim nokta itibarı ile Tanrı’yı inkar edecek hiçbir akılcı argüman bulamıyorum.. tek mantıklı cevabın yaratılış olduğu neticesine varıyoruz’’ itirafında bulunabilmiştir. Hatırlarsınız altmışlı yılların sonlarında İzlanda civarında ansızın yeni bir ada doğmuştu. Pür dikkat bilim adamları bir ümitle adaya doğru akın ediverdiler. Kendilerini hoşgeldin dercesine rengarenk çiçeklerle kaplı bitki florası, birtakım böcek ve kır çiçekler karşılıyevirdi. Öyle ki adanın iki yıl içerisinde zengin flora ve faunası izleyenleri hayretler içerisinde bırakıverdi. Çünkü evrimciler o güne kadar çok türlü canlı dökümanının ancak 50 milyon yıl içerisinde oluşabileceğini hep söyler dururlardı. Oysaki hayata yeniden mehraba diyen adanın kısa sürede ulaştığı yeni sakinleri doğrusu onları şaşırtmış gözüküyordu. Her nekadar aralarında ağaçlar ve hayvanlar olmasa da Amerika’da hayatını idame ettiren bir karınca cinsinin olması onları büsbütün çıldırtmaya yetti arttı bile. Böylece yaratılışçıların canlıların yeryüzüne aynı anda çıktığı fikri bir kez daha teyid edilmiş oldu. Ayrıca birçok araştırıcılar RNA’nın protein sentezi ile ilgili olduğunu ortaya çıkardıktan sonra söz konusu sentezin hücrenin neresinde olduğunu öğrenmeye çalıştılar. Bu amaçla Borsook, bir kobaya radyoaktif amino asit enjekte etmiştir. Hatta 30 dakika sonra hayvanı öldürüp karaciğerini şeker çözeltisinde parçalamışta. Derken meydana gelen çözeltiyi üç değişik hızla santrifüjde döndürmüş, ardından çekirdek, ribozom ve mitokondrileri birbirinden ayırmıştır. En nihayet yaptığı ölçümler sonucu ribozomlardaki radyoaktif amino asitlerin diğer hücre kısımlarından (Mitokondri, çekirdek gibi) iki kat daha fazla olduğunu görmesiyle birlikte aminoasitlerin ribozomlar üzerinde protein sentezine girdiğini ortaya koymuştur. Boorsok 1950 de bu deneyi yaptığı zaman ribozomların endoplazmik retikuluma bağlı olduğu bilinmiyordu. Keza Zamaecknik ve arkadaşlarının yaptıkları seri deneyler sırasında fareyi uyuşturup karaciğerini ortaya çıkarmışlar, akabinde radyoaktif amino asit kapsayan bir çözeltiyi kuyruk toplar damarına enjekte etmişlerdir. Daha sonra 2–20 dakika ara ile karaciğerden birer parça alarak asit miktarını tayin etmişler. Sonuçta ribozomların her miligramına tekabül eden amino asit miktarın endoplazmik retikulumdan arta kalan proteinlerden 7 kat daha fazla radyo aktif aminoasit ihtiva ettiğini bulmuşlardır. Böylece proteinlerin ribozomlar üzerinde yapıldığı kesin bir şekilde ispatlanmış oldu. Aslında Zamecknik ve arkadaşları belli ki bu deneylerle proteinlerin ribozomlar dışında veya endoplazmik retikulumun başka kısımlarında yapılıp yapılmadığını bulmak amacını gütmüşler, fakat kazın ayağının hiçte öyle değil.. Yapılan birçok deney sonucunda bir hücredeki protein sentezinde rol alan asıl etken faktörün; —Çekirdekte yer alan DNA molekülleri, —Çekirdek, sitoplâzma ve ribozom arasında hareket eden mRNA ile ribozom arasında hareket eden tRNA molekülleri sayesinde gerçekleştiği belirlenmiştir. Hücre yönetiminde hiyerarşi Bütün canlıların esasını teşkil eden organik bileşiklerden nükleoproteinler; nükleik asit ile bir veya birkaç proteinin birleşmesinden teşekkül etmişlerdir .Yani proteinler takriben 100 ila 3000 amino asitten meydana gelmiş organik moleküllerdir. Mesela en basitinden kan dolaşımına hayat veren aynı zamanda cana can katan bir protein olan hemoglobin molekülünde 574 tane amino asit bulunmaktadır. Düşünebiliyor musunuz kan dolaşımımızda milyarlarca kırmızı kan hücresinden sadece bir tanesinde 574 amino asit mevcuttur. Ya tamamında nasıl derseniz yapılan hesaplamalarda 280.000.000 (280 milyon) hemoglobin proteinin varlığı tespit edilmiştir. Dolayısıyla gerek oksijenin kan yoluyla vücuda transferi, gerek yediğimiz gıdaların hazmedilmesi, gerekse kanın pıhtılaşması gibi birçok kimyasal olayın yön ve hızları birçok protein veya enzim şeklinde olan proteinlerin etkisinde cereyan etmektedir. Ancak birçok araştırıcı hücre içerisinde cereyan edecek temel olayların çekirdek içerisinde DNA’da şifrelendiğine inanırlar. Onlar inana dursunlar, şu da bir gerçek DNA’nın bir direktifler kitapçığı olması demek hücre içerisinde birçok kimyasal reaksiyonların oluşumunda doğrudan tek başına etkili olduğu anlamına gelmez. Zira DNA çekirdekte olmasına karşılık hücre faaliyetlerin büyük bir bölümü hücre sitoplâzmasında cereyan etmektedir ki, arada ara elemanlarda iş başındadır. Bu nedenle DNA’dan direktifleri ileten aracı molekül mRNA sahne almaktadır. Bundan dolayı hücre mRNA vasıtasıyla gelen direktiflere karşı olumlu tepki göstererek gerekli proteinler sentezlenir. Derken hücrenin bütün fonksiyonları bir hiyerarşi içerisinde yürütülür. Bu hiyerarşinin en tepesinde ise hiç kuşkusuz DNA (gen) oturmaktadır. DNA zincirinde yalnız bir tanesi RNA kalıbı olarak iş görür Her hücre çift sarmal(spral) DNA helezonlardan kuruludur. Dolayısıyla hiçbir hücre genetik kartını kendi kuruluş amacının dışında başka alanlarda kullanmasına izin verilmeyip şifresine sadık kalmaktadır. Yani DNA zincirinin yalnız bir tanesi RNA kalıbı olarak iş görmektedir. Şayet DNA zincirinin her iki tanesi RNA kalıbı olarak görev yapsaydı her gen birbirinin komplamenteri iki tane RNA ürünü meydana gelecekti. Bu durumda bunlar birbirinden tamamen ayrı iki tane protein sentezini şifrelemesi gerekecekti. Fakat genetik kartlar her bir genin yalnız bir tane proteini denetlediğini göstermektedir. Buna göre ya DNA zincirinde bir tanesi kopya edilmeli ya da iki komplamenter RNA ürünü yapılıcaksa bunlardan yalnız bir tanesi fonksiyonel olmalıdır. Anlaşılan bunlardan ilk ihtimalin daha doğru olduğu gözükmektedir. Nitekim bu durum Bacillus Subtilis bakterisine ait hücrenin yönetiminde sentez edilen RNA’ nın incelemesiyle kesinlik kazanmıştır. Protein sentezinde mRNA’nın aracılığı Yönetici genlerden doğan talimatlar veya RNA alfabesinde A-U-G-S şeklinde yazılmış enformasyon niteliğinde start alan emirler mRNA molekülü vasıtasıyla kromozomlardan çıkıpprotein sentezi gerçekleştirmek üzere ribozomlara konuk olurlar. Yani herhangi bir ribozom her çeşit protein molekülünü yapacak durumda mevzi almaktadır. Hatta üretilecek protein çeşidi ribozomdan geçmekte olan mRNA yazılımına bağlı olarak teşekkül etmektedir. Bunun için 5 uçlu kodunla ribozoma temas eden mRNA molekülü bir barkot cihazından geçen ürünün okunması gibi okunur. Hatta okunmakla kalmayıp mRNA şeridinin ribozom üzerinde özel noktaya yanaşmış olan tRNA ile kontak kurulur da. Nihayet bu kontak sonucunda mRNA bir kodon boyu ilerleyerek kendine uygun bir tRNA ile birleşir. Böylece mRNA hızla bir yandan ribozomdan geçerken diğer taraftan ribozomun yardımıyla kendine uyan bir tRNA kodonunu hizaya getirir (sıraya sokar). Keza tRNA’nın uçlarında bulunan aminoasitlerde kendi aralarında sıralanırlar. Sırayı bildiren ise mRNA’dır. Bu arada tRNA vasıtasıyla aminoasitlerin sıralanmasına aracılık eden moleküllerin mRNA üzerinde bulunan 64 çeşit kodonla birlikte bunlara uyan aminoasitlerin hangilerinin olacağı da belirlenir. Diğer taraftan iki fosforik asit ise fosforik asit halinde ayrılıp, bir tRNA molekülü vasıtasıyla kendisini faaliyete geçirici enzim tarafından katalizlenir. Derken reaksiyon sonucunda AMP (Adenozin monofosfat) kaynaklı nükleotid tRNA’ya bağlanır. Bu sayede ilgili enzim yeniden kullanılmak üzere serbest hale geçer. Anlaşılan o ki bütün tRNA çeşitleri ucunda adenin kapsayan bir nükleotid mevcut olup, aminoasit kendi COOH grubu ve riboz şekerinin OH gruplarından biri arasındaki bir bağla nükleotide bağlanır (adenine bağlanır). Bir mRNA molekülünün arka arkaya birçok ribozomdan geçişi Bir ribozomdan çıkmakta olan mRNA’nın ucu bir başka ribozoma girmek suretiyle orada aynı yapıda ikinci bir protein molekülünün sentezini başlatabilir. Tabii ki bu sentez ikinci ile sınırlı değil. Şöyle ki her bir yazılımın arka arkaya dizilmiş ribozomlardan geçmesiyle birlikte anlam kazanıp protein sentezi devam ettirilmektedir. Zaten hücrede çoğu kez ribozomlar birbirine yakın olduğundan bir ribozomdan çıkan mRNA diğerine geçtiğinde yeni ribozom grupları oluşur ki, işte böyle çoklu gruplara poliribozom denir. Şurası muhakkak poliribozomun varlığı protein sentezinin çabuklaşması demektir. Yani az sayıda mRNA ile çok sayıda protein sentezi mümkün hale gelmektedir. Protein sentezinde DNA bilgisinin genişletilmesi ya da çoğaltılması (Enformasyonnun amplifikasyonu) Protein sentezi bir gendeki enformasyonun çekirdek içerisinde başlayan DNA yazısından mRNA yazısına ve ordanda ribozom üzerinde polipeptit yazısına tercüme edilme hadisesidir. Böylece bu üç yazı hem zincirlemesine enformasyon taşır hem de birinden diğerine tercüme edilerek çoğaltılırda. Bu çoğalma öncesi bir gendeki enformasyon başlangıçta bir adet olmasına rağmen sonraki aşamalarda ortalama her dakikada bir tane mRNA sentez edilir. Ancak bir mRNA molekülünün ömrü 240 dakika ile sınırlıdır. Bu sürenin sonunda mRNA’nın aşınıp bozulmasıyla birlikte artık çalışamaz duruma gelmektedir. Bir başka ifadeyle 240 dakikalık ömür boyunca aynı genden aldığı enformasyonla 240 adet mRNA yapılmakta olup yenisine geçişte ilk meydana gelen ölmüş oluyor. Böylece yeni meydana gelen bir mRNA molekülüne karşılık en yaşlı mRNA öleceğinden hücrede aynı enformasyonu taşıyan 240 mRNA’lık populasyon ne artar ne azalır, yani sürekli sabit kalmaktadır. Demek ki mRNA’nın taşıdığı bu bilgi tRNA’nın ve ribozomların yardımıyla polipeptit yazısına çevriliyor. Yani protein sentezi bir tercüme işi olduğundan, polipeptit yazılı 20 harflik bir alfabe ile yazılmaktadır. Hiç kuşkusuz bu yazılımda rol oynayan harfler aminoasitlerdir. Üstelik her harf RNA yazısında 3 harfli kodonluk bir kelimenin yerine geçmektedir. Bir anlamda DNA’dan mRNA’ya ve oradan da ribozom üzerinde polipeptit zincirine tercüme edilmesi sonucunda oksitosin ve vasopressin polipeptitlerin meydana gelişi sahne alır. Nasıl ki 29 harfin tesadüfen meydana gelebilmesi için bir kâinat ömrü sığmıyorsa aynen öyle de polipeptit yazılı 20 harflik bir alfabenin kendi kendine yazılımının gerçekleşmesi için dile kolay trilyonlar aşan kâinat ömrü yetmeyecektir. Tüm bu gerçekler ortada iken hala bir insanın 46 kromozomuna denk düşen 1 milyon sayfalık bilginin tesadüfle meydana geldiğini iddia etme cüretini sergilemek akıl tutulmasından başka bir şey olmasa gerektir. Protein Sentezinde yardımcı enzimler ve enerji ihtiyacı DNA protein yapısındaki birtakım enzimlerin yardımı sayesinde eşleşebilmektedir. Aynı zamanda buna paralel olarak kendisine yardım eden enzimlerin sentezi de DNA bilgilerinin kontrolü altında gerçekleşmekte. Bu durum bir çelişki gibi görünse de ilk yaratılış gereği ikisinin de aynı anda var olması gerekecek şekilde tasarlanmış bir plan olduğu ortaya çıkmaktadır. Yani DNA’sız protein olamayacağı gibi, proteinsiz DNA’da çoğalamayacaktır. Dolayısıyla son derece karmaşık yapıda olan protein ve nükleik asitler(DNA ve RNA)’in tesadüfî bir eser olarak meydana gelmesi mümkün gözükmemektedir. Bilindiği üzere genetik programlar bin ciltlik kütüphaneyi dolduracak şekilde veri tabanına (bilgi deposu) depo edilirler. Üstelik bu bilgiler üç harfli veya üçlü kodon halde bir yazılımla milyarlarca bitlik bilgisayar birimine tekabül eden bilgilere eş değer sayıda dizilerek sahne almaktalar. Dahası insanın bir tek hücresine ait tüm özelliklerin kodlandığı 46 kromozomluk bilgiler 46 ciltlik dev bir ansiklopedisini dolduracak niteliktedir. Yani her bir cilt 20 bin sayfaya karşılık gelmektedir. Düşünsenize söz edilen sadece tek bir hücre için, birde bunu insan vücudunu oluşturan trilyonlarca hücreye döktüğümüzde ortaya çıkacak rakamı düşün, o zaman telaffuzu bile zor rakamlarla karşı karşıya kalacağımız görülecektir. Bu gerçeklere rağmen hala tesadüf denilecekse pes doğrusu... James Dewey Watson asrımızın en büyük buluşu olan DNA’yı keşfetmekle birlikte birtakım soruları da beraberinde getirmiştir. Şöyle ki; acaba amino asitler mRNA’nın yüzeyinde bir sıra halinde toplanarak bir enzimin etkisi altında protein oluşturmak üzere mi birbirine bağlanırlar? Yine bir başka soru örneğin U-U-U üçlüsünün fenil alanin moleküllerine uyduğu diğer amino asitlerin uymadığı özel bir şekli mi var, yoksa üçlülerden her birinin 20 amino asitten yalnız birine uyan bir şekli mi var? Elbette ki bu tür sorular önünüzde durdukça basit mantık kurallarıyla böyle bir mekanizmayı cevaplamak mümkün görülmeyecektir. Oysa gerçek işleyen kurulu mekanizma Francis Crick tarafından şöyle açıklanmıştır; U-U-U bazlarını A-A-A nükleotid üçlüsü çekerek hidrojen (H) bağları oluştururlar. Eğer böyle bir molekülle fenil alanin bağlanmışsa mRNA doğru yerinde tutulacaktır. Mesela bir nükleotid üçlüsünün yanında prolin şifresini taşıyan S-S-S üçlüsünü G-G-G nükleotid üçlüsü kendine çekecektir. Böylece prolin fenil alanin yanında doğru yerinde tutulmuş olacaktır. Ki; RNA molekülleri, aminoasitlerin ribozomlara taşınmasında sorumludur. Bir başka ifadeyle tRNA olarak adlandırılan bu moleküllerin herbiri bir adaptör görevi (adapte edici iş görür) yapma sayesinde doğruca yerlerine gidip, böylece amino asitler istenilen tipte proteini meydana getirirler. Fakat bu işlemini gerçekleşmesi için aminoasitlerin ribozomda senteze girmeden önce özel enzimlerle tRNA’ya bağlanması gerekir. Nitekim doğru bağlanma bir veya birkaç enzimin etkisi altında gerçekleşmektedir. Aminoasit ve tRNA kompleksinin mRNA’nın özel kodonuna bağlanmasında rRNA’nın enzimatik yardımı ve GTP’den (guanin trifosfat) sağlanan enerji sayesinde olmaktadır. Dahası mRNA üzerinde bulunan 64 çeşit kodon ve bunlara uyarlanacak aminoasitlerin bağlanış reaksiyonları M.B Hoagland açıklamışta. Buna göre herbir amino asit ATP ile reaksiyona girip bu reaksiyon sonucunda bir enzim katalizlenmektedir. Katalizlenen enzimler ise her bir amino asit için spesifik kalıp, böylece her bir aminoasit karboksil (COOH) grubu ile ATP’nin 3 fosforik asit grubundan en uçtakine bağlanır. Yukarıda da bahsettiğimiz üzere bir mRNA’dan üretilen 5 uçlu kodunlu her enzimin bir tane olduğu belirlenmiştir. Ömür uzunluğu ise 20 saat kadardır. Buna göre 20 saat içerisinde bir mRNA’da 20x60/5=240 adet enzim yapılabileceği belirlenmiştir. Anlaşılan 240 enzim başlangıçta bir tek mRNA’nın yaptırdığı veya sabit bir şekilde devam ettirdiği sayıdır. Hücrede bunun gibi aynı enformasyonu taşıyan 240 mRNA olduğuna göre 240x240= 57600 enzim olacağı hesap edilir. Sonuç itibariye özetleyecek olursak: Gen + 240 mRNA + 57600 Enzim (protein) üretilir. Başlangıçta DNA’dan bir tane olan enformasyon sadece mRNA ve polipeptit yazısına tercüme edilmekle kalmaz, aynı zamanda amplifikasyona (çoğaltılmış) da açık olmaktadır. Gerek James D. Watson gerekse sağduyulu birçok bilim adamı bir takım aklıevvel ve dar kafalı bilim adamlarının ileri sürdükleri görüşlerin aksine; genlerin protein moleküllerinden ibaret olduğunu tercih etmektedir. Keza Francis Crick bilim adamı da böyle şüphecilere kulak asmazdı. Üstelik o bunların birçoğunu yanlış ata kumar oynamaktan usanmayan huysuz ahmaklardır tarzında sitemini dile getirmiştir. Zaten aklı başında bir insanın toprağın altındaki her türlü elementin kendiliğinden yeryüzüne çıkıp son derece en son model araba yapamayacağını bilmesi gerekir. Elbette ki objektif bilim adamlarının da evrimcilerin çok kompleksli bir canlı âleme ait işine gelen doneleri alıp, işine gelmeyenleri ekarte ettikleri teorilerini ciddiyetle bağdaşır bulmadıklarını bu kabilden değerlendirilmelidir. Zaten hiçbir sağduyulu bilim adamı objektif kriterleri teoriye uydurmaya çalışanları esastan kabul edip bilimsel çalışmalarına kaynak alması mümkün gözükmemektedir. Kaldı ki evrimcilik karşımıza bilimsel maske altında inançsızlık olarak karşımıza çıkmaktadır. Protein Sentezi Düzenleyen Negatif Başa Tepki Yolları (Feed-Backlar) DNA’nın bütün hücre fonksiyonlarını yürütürken her etken unsuru ihtiyaca göre ayarlar. Enzim sentezi şüphesiz böyledir. Bir hücre içerisinde kimyasal ürünler fazla sayıda üretilince bu hücreler ya enzimlerin etkisini ilk inhibasyonla veya enzim üretimini mRNA üzerinde ikinci inhibasyonla, ya da gen içerisinde ki mRNA üretimini son inhibasyonla inhibe ederler. Protein sentezinin yarıda kalmasını önleyen son kontrol mekanizması Ribozomlar kendilerine gelen mRNA molekülü üzerinde yazılı enformasyona dayanarak yüzlerce, on binlerce, hatta yüz binlerce amino asit molekülünü birbirine ekleyip istenen polipeptit protein molekülünü meydana getirirler. Ancak bu söz konusu polipeptit molekül içerisine mRNA da mevcut olmayan plan dışı aminoasit fazladan eklenemez. Zaten plan dışı arızalardan herhangi biri monte edilmeye kalkışıldığı zaman istenilen tipte protein üretilmemiş olacaktır. Çünkü yabancı proteinler genellikle hücrede birtakım yan etkenler doğurmanın yanı sıra organizmada antikor yapımına ve allerjik durumlara neden olmaktadır. Öyle anlaşılıyor ki ribozom kendisine spariş edilen molekülü tam bir şekil de imal eden bir fabrika konumu üstlenmiş durumda. Spariş edilen bu molekülün yapı planı ise mRNA tarafından hazırlanmaktadır. Örneğin 20.000 aminoasitlik hammaddeden protein molekülünü yapacak bir mRNA’nın ribozomdan geçtiğini düşünelim. Hatta hücre içerisinde aynı anda binlerce mRNA’nın onbinlerce ribozom üzerinde harıl harıl aynı protein sentezini yaptığını varsaydığımızda bazı aminoasitlerin tükenmesiyle birlikte bir takım aksiliklerin ortaya çıkabileceği kaçınılmaz kılacaktır. Neyse ki hücre böyle hesapsız sürprizlere karşı tedbirsiz kalmayıp düzenli çalışabilecek bir donanıma sahiptir. Çok istisnai hatalar dışında yanlış kodlanmış bir protein molekülü hücre içerisinden dışarıya asla çıkarılmasına müsaade verilmemektedir. Yani yapımı biten bir protein molekülün son aminoaside takıldığında hepsinin tamam olduğu bir sonlanma hemen gerçekleşmez. Bir başka ifadeyle son anda bir eksikliğin olabileceği göz önünde bulundurularak yanlış hesap Bağdat’tan döner misali plan dışı bir molekülün ortama salıverilmesine izin verilmemektedir. Zira öylesine bir sınırsız hoşgörülük kontrol sistemini altüst edeceğinden hücrenin anarşileşmesine yol açacaktır. Böyle bir durum ancak hücrenin kanserleşmesinde ya da ölüm halinde meydanagelmektedir. Normal ve sıhhatli hücrede ise yapısı tamam olmayan moleküller derhal yıkıcı bir enzimeteslim edilerek mevcut nizamın devamı sağlanır.Öyle ki bu yıkıcı enzimhücre nizamının tesisi adına harici molekülün tümünü veya birçok peptit bağlarını koparacak güçte vazife görmektedir. Yani söz konusu molekülü aminoaside veya zararsız küçük polipeptitler haline çevirmenin yanı sıra yeni sentezlerde kullanılacak yapı taşları halinde serbest hale getirilmektedir. Ancak yine de böyle bir kontrol mekanizması, protein sentezi sırasında doğabilecek bazı zararları önlemek için yeterli değildir. Mesela aminoasit eksikliği yüzünden bir protein molekülü tamamlanamıyorsa sadece ilgili ribozom ve ilgili mRNA vasıtasıyla protein sentezinin durdurulması ya da yapılmış olan polipeptit zincirlerinin dağıtılması mümkün olmayabiliyor. Nitekim arızalı yapının başka ribozomlara girip yarıda kalacak sentezleri başlatmaması için mutlaka ilgili mRNA molekülünün ayrıştırılmasını gerektirmektedir. O halde daha tam ve daha geniş kapasiteli bir kontrol sistemine ihtiyaç vardır, ama nasıl? Şöyle ki bunun için mRNA’yı yapmış olan gen (DNA) tarafından aynı tipte başka mRNA moleküllerinin yapılmaması veya yapılmış olanların da toplatılıp yok edilmesine yönelik kontrol sistemi devreye girecektir. Eğer böyle olmazsa ribozomlar boşuna çalışmış olacaklardır. Kaldı ki hücrenin ne boşa harcayacak zamanı var ne de fazla harcayacak enerjisi var. Çünkü her oluşan peptit bağının kuruluşu 1 ATP’lik yani 8000 küçük kalori ile işler hale gelmektedir. Bu nedenle milyonlarca peptid bağının yapboz misali yeniden kurulup inşa edilmesi gibi lüks bir enerji kaybına asla müsaade edilemez. Eğer müsaade edilirse boşa çıkan ısı hücreyi yakıp ölmesine yol açacaktır. Belli ki hücre içerisinde cereyan eden protein sentezi olayı mükemmel bir organizasyon ve kusursuz bir kontrol mekanizması ile yürütülmektedir. Ayrıca Mendel deneylerinin bize hatırlattığı bir gerçek var ki; DNA’ya sirayet eden hastalıklı bir gen ta ki açığa çıkmasına uygun bir ortam yakalayana dek yedi göbek uzanabilmektedir. Zaten yedinci nesilden sonra uygun bir fırsat bulup ortaya çıkamıyorsa, artık bu noktadan sonra DNA’dan düşüp ortadan kaybolması muhtemel dâhilindedir. Aynı durum sadece hastalıklı genlere mahsus bir durum değil elbet, faydalı ve işe yarar genler içinde geçerli bir akçe. Halk arasında herhangi bir insanın iyi veya kötü hallerine karşılık kullanılan “Herkes aslına çeker” ifadesi bu olsa gerektir. Bu yüzden uzmanlar maraz yapılı genlerin güçlenmemesi adına akraba evliliklerinden şiddetle kaçınmamızı önermektedirler. Protein nasıl yapılır (Santral dogma) Şimdiye kadar olan basamakları özetlersek: — Çekirdekte yer alan DNA molekülü kendisinin özel bir koplamenteri olan mRNA’nın sentezini yapar. Bu sırada DNA’nın nükleotidleri kendine uyan RNA nükleotidleri ile eş yaparak bir dizilim meydana gelmektedir. Şöyle ki DNA’nın adenini RNA’nın urasili ile, DNA’nın timini RNA’nın adenini ile, her ikisinin stozini diğerinin guanini ile bir araya gelip, bu şekilde DNA yazılımının yeni mRNA molekülünce kopyasının alınması olayı gerçekleşmektedir. —İkinci aşamada mRNA sitoplâzmaya geçerek bir ribozoma bağlanır ve burada proteinlerin sentezi sırasında kalıp olarak iş görür. —Üçüncü aşamadatRNA molekülleri sitoplazmada serbest kalarak yüzen amino asitleri teker teker yakalayıp onları ribozoma getirir. Böylece her amino asit tRNA tarafından taşınarak ribozomlardan geçmeye hazır vaziyette mRNA ile uyumlu aynı zamanda şifresine uygun bir şekilde sentezlenir. — Dördüncü aşamadasentezlenen yeni protein molekülü ribozomdan koparak ayrılınca mRNA başka bir ribozoma geçiş yapar. Bu arada tRNA ise daha önce taşıdığı tipte olan başka aminoasidi yakalamak üzere yeniden stoplazmaya doğru hareket eder. Böylece DNA şifresi kendine özgü protein çeşitlerini yapmak amacıyla hemen hemen birbirinin aynı kalıpta birçok protein molekülünün yapımı gerçekleşir. Nitekim bu hipotez santral dogma olarak isimlendirilip, “DNA + RNA’yı + RNA’da proteinleri yapar” şeklinde özetlenebilir. Görüldüğü gibi aminoasit sıralarının belirlenişinde DNA kalıp görevi yapmamakta, tam aksine protein sentezi için talimat vermektedir. Yani DNA’daki genetik bilgi önce RNA’ya aktarılır, daha sonra RNA’da gereğini yapıp bilginin adeta kalıp dokümanını ortaya koymaktadır. Derken kısa süreli hafıza kartında saklı kalan bilgiler, ister istemez yeni bir alana kavuşurlar. Hatta kavuşmakla kalmazlar mevcut hücre ortamın yapısını da değiştirerek hücrede yeni bir RNA molekülünün teşekkülüne imkân verilir. Mesela protein sentezi sırasında 10–30 dakika arasında konaklayan RNA şayet kendi yapısına uygun bilgi veya ilave edeceği bir şey yoksa bu noktadan sonra bozulmaya uğraması kaçınılmaz olacaktır. Ne zaman ki kendisiyle alakalı bir bilgiye kavuşur, işte o zaman bilgiler kısa süreli kayıt sisteminden çıkıp daha uzun kayıt altında saklanan belleğe aktarılmak suretiyle DNA’ya dönüşürler. Demek ki kısa süreli hafıza kartından geçen elektrik akımı hücrenin yapısında birtakım değişikliklere yol açmakla kalmayıp, bunun yanı sıra RNA vasıtasıyla başka bir bilginin doğmasına yelken açabiliyor. Hatta RNA’nın uzun süre hafıza kartında kalmasına karar kılındığında ise doğrudan DNA’ya bağlanarak aminoasitlere dönüşebilmektedir. Böylece o bilgiler ebedi olarak bizimle birlikte yol arkadaşımız olur. Yani hayatta işlediğimiz tüm eylemlerin tüm detayları önce hücrelere aktarılır, sonra ribonükleik asitlere ve en nihayet DNA’mıza işlenerek bir daha yakamızdan asla atamayacağımız bilgi haline geçmektedirler. Bu olay aynı zamanda Allah’ın yoktan yaratma olayını hatırlattığı gibi kulları üzerinde ki kader çizgisini de ortaya koymaktadır. Biyolojik Şifre (Genetik şifre) Şifre sembolleri Evrimciler DNA’da ki şifre ve kodların tesadüfî, yanılma veya kazaen meydana geldiğini ileri sürmektedirler. Oysa şifre bir bilgiyi bir şekilden diğer şekle çevirmek için kullanılan semboller sistemidir. Mesela yazılı dil insan tarafından kullanılan bir tür şifre sistemidir. Bilindiği üzere Türkçede 29 harf sembol var olup, bu sembollerle istenildiği kadar kelime üretilmektedir. Keza DNA molekülleri de çok uzun oldukları halde sadece 4 harfli alfabeden ibaret bir “ol” emri diliyle yazgı gerçekleşmektedir. GENETİK ŞİFRE DNA için insanvücudunda akla gelebilecek her ne varsa A’dan Z’ye tüm bilgileri bünyesinde eksiksiz olarak barındırdığı bir yapı planı olarakdeğerlendirebiliriz. Zira vücudumuza ait gerek iç, gerekse tüm dış bilgiler dört harfli bir alfabetik şifre sistemiyle kayıt altına alınmıştır. O meşhur dört harfli alfabe nedir derseniz, hepimizin yakından bildiği adenin, timin, guanin ve sitozin (A, T, G, C) denilen nükleotid bazlardan başkası değildir elbet. İşte DNA’daki tüm bilgiler bu bazların kendine özgü diziliş sırasıyla kodlanmaları sayesinde gerçekleşmektedir. Nitekim bilimsel araştırmalar sonucunda nükleik asitlerin tüm organizmaların genetik maddesini teşkil ettiği, genlerin ise belirli proteinlerin yapımını sağladığı ortaya çıkmıştır. İşte bu iki grup (Nükleus ve genler) arasında en önemli ortak payda her ikisinin de belirli sayıda yapıtaşından meydana gelmiş zincirler olmasıdır. Aynı zamanda proteinleri oluşturan aminoasitlerin dizilişi zincirde yer alan polipeptidin biyolojik özelliğini de ortaya koymaktadır. Dolayısıyla insanlar arasındaki fiziki farklılıklar bu dört bazın diziliş esnasında nükleotidlerin farklı pozisyon almasından kaynaklanarak gün yüzüne çıkmaktadır. Zira herhangi bir geni oluşturan nükleotidler üzerinde oluşabilecek bir sıralama hatası o geni ister istemez iş göremez hale gelmesini kaçınılmaz kılabilmektedir. Hele hele insan vücudunda 200 bin genin olduğunu yakından takip edenler bu sıralamanın hedefinden sapmadan daha kompleks yapılı işlere yönlendirildiğini gördüklerinde hayretler içerisinde kalmaktadır. Hatta uzun bir zaman diliminde ömrünü moleküler evrim teorisine inanan Francis Crick DNA zincirlerin düz olması nedeniyle genlerdeki nükleotidlerin sırasıyla proteinlerin yapıtaşları olan aminoasitlere uydurulabilir demiş olsa bile gerçek anlamda DNA’yı keşfettikten sonra biyolojik nizamın bir mucize olduğunu itiraf etmek mecburiyetini hissetmiştir. Böylece DNA molekülünün kompleks yapısı sayesinde bir kez daha hayatın bir mucize olduğunu, asla tesadüfi bir eser olarak ortaya çıkamayacağını anlamış oluyoruz. Tabii mesele burada bitmiyor, dahası var. Şöyle ki Yaşamın temel kuralları kitabıyla ünlü evrimci Prof. Dr. Ali Demirsoy; “Bir proteinin ve çekirdek asit ( DNA ve RNA)’in oluşma şansı tahminlerin çok ötesinde bir olasılık olduğunu, hatta belirli bir protein zincirinin meydana gelme şansı astronomik denecek kadar azdır” tarzında itiraf etmek zorunda kalmıştır. Hatta Amerika’da “Biyolojide Olasılık Araştırma Merkezi” adlı akademik kuruluş Amerikan alfabesinin 26 harfli olmasından hareketle alfabetik deney yapmayı tasarlanmışlar. Derken 26 harflik alfabe ile 30.000 çekiliş yapılması öngörülmüştür. Böylece tasarlandığı şekilde ortaya çıkan sözcükler arasında bir anlam içerenlerin sayımı dokümanı ortaya çıkarıldığında; ilk iki harfli olanında 4890 adet, üç harfli kelimede 113, dört harflide 139, beş harflide 17 anlam çağrıştırabilecek türden sözcüğün çıktığı gözlemlenmiştir. Bir başka ifadeyle mesela altı harfli sözcüklerde anlam kaybının 3’e düşerek gittikçe azalan bir periyotla karşı karşıya kalınmıştır. Hâsılı kelam 30 bin harf arasında kala kala 7 harflik bir adet sözcüğün anlam içerdiği tespit edilebilmiştir. Biz bu ihtimal hesabını protein alfabesi tarzında ele aldığımızda, madem protein sentezi 20 amino asitlik bir alfabeyle gerçekleştiğine göre en basit bir canlının protein yapısını oluşturabilecek anlam yüklü bir kelime ortaya çıkması için her harf için ¼ ila 1/5 harf arasında seyreden bir oran olması icap etmektedir. O halde bu orandan hareketle 400 harfli bir çekiliş için alfabe sayısı 20 olduğuna göre 4’ün 400’üncü kuvvetine tekabül eden 10240 rakamını elde ederiz. Bunun anlamı trilyon sözcüğünün 20 kez tekrarlanması demektir. Bu durumda hala 400 amino asid zincirinden bir tane işe yarar proteinin trilyon sözcüğünün 20 kez tekrarlanmasıyla ancak ortaya çıkabilecek uçuk bir ihtimale dayanarak hala her şeyin tesadüfen meydana geldiği söylenebiliyorsa pes doğrusu. http://www.facebook.com/pages/Selim-G%C3%BCrb%C3%BCzer/270156429678799?sk=wall