1957 yılında Muş'da doğdu. 1980 yılında şimdiki adıyla Gazi Üniversitesi'nin Mühendislik Fakültesi Makina Mühendisliği Bölümünden mezun oldu.
Alüminyum sektöründe sanayicilik yapan ve 1982 yılında firması ASO'ya üye olan Çağlayan, 1987 yılında yapılan Oda Organları Seçimlerinde Alüminyum Sanayii Meslek Komitesi ve Oda Meclisi Üyeliğine seçildi. 1989 yılında Yönetim Kurulu Üyeliğine ve 1991 yılından itibaren de iki dönem Yönetim Kurulu Başkanvekilliğine seçilen Zafer Çağlayan, 1995 yılında ilk dönem olarak Ankara Sanayi Odası Yönetim Kurulu Başkanlığı'na seçildi. Çağlayan, 22 temmuz seçimlerinde milletvekili seçilinceye kadar bu görevi sürdürdü.

1996-1998 dönemi TOBB Başkanvekilliği ve 1995-1998 dönemi MESS Temsilciler Kurulu Üyeliği görevlerinde de bulunan Çağlayan 2005 yılının Mayıs ayında TOBB Başkanvekilliği görevinde de bulundu.

Dış Ekonomik İlişkiler Kurulu (DEİK) Yönetim Kurulu Üyeliği, kurucusu olduğu ve uzun yıllar Yönetim Kurulu Başkanlığını yaptığı Ankara Alüminyum Sanayicileri Derneği Üyeliği görevi de devam eden Çağlayan, evli ve iki çocuk babası.